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【干货】细菌基因组数据NCBI上传教程

2020-08-18


近日收到不少老师的邮件和电话，咨询如何将细菌基因组denovo测序数据上传至NCBI？攻略千千万、眼花缭乱，不知道该选择哪个是好？对于初次上传基因组的小白来说，这个确实有点犯难。

别着急，小编整理了细菌基因组denovo上传至NCBI的完整流程，保证简单、高效又方便。



基本流程

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1、NCBI注册

注册网站：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/register/?back_url=http%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fhome%2Fsubmit.shtml&partners-uri=cms:/account/partners

打开NCBI注册网站，按照网页上的要求进行个人信息填写，需要注意的是此处要填写邮箱，一般不建议使用qq邮箱、163邮箱和foxmail邮箱，因为这些邮箱经常会存在接收不到NCBI邮件的现象。所有信息都填写完成后点击Create account，邮箱会接收到NCBI发过来的网站，打开此网站进行激活即可完成账号注册。

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2、基本信息填写

打开NCBI官网https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，输入账号和密码，点击网页上的Submit栏可进入GenBank界面，找到细菌基因组提交栏，点击进入即可开始本次的提交（或直接点击https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/genome/进入提交界面）。

具体步骤如下：

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1、点击New submission进入，此步操作可以得到SUB号；

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2、选择Single genome（因为细菌denovo测序是针对单个基因组进行的），点击continue；

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3、进入SUBMITTER完善个人信息，此处的邮箱仍然不建议使用qq邮箱、163邮箱和foxmail邮箱；

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4、General Information信息填写（此处以未申请BioProject和BioSample号为例，如果已经申请过可以直接将对应的BioProject和BioSample号直接填写即可）：

（1）BioProject和BioSample处选择NO，释放数据日期可根据自己的需要来进行选择；

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（2）组装和测序信息填写（可根据结题报告上给出的信息进行填写）：

细菌框架图项目的组装软件：A5-Miseq，版本V20160825；Spades，版本V3.12；

细菌完成图项目的组装软件：Fyle，版本V2.5；CANU，版本 V1.7.1；

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（3）测序深度及测序平台的选择:

测序深度=测序数据量/基因组大小（我司结题报告上一般会给出）；

测序平台：二代一般为Illumina平台；三代一般为Pacbio/Nanopore平台；

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（4）填写基因组的组装信息以及是否有关联的文章，填写完成后点击Continue进入下一步；

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3、BioProject信息填写

菌株英文描述（大概100个左右word ）：描述下该菌株进行全基因组测序的目的、意义及用途（工业/农业/医疗等等）等信息(共性\不同)，填写完成后点击Continue进入下一步；

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4、BioSample信息填写

1、选择Microbe，点击Continue进入下一步；

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2、BioSample Attributes:填写物种拉丁名称及菌株名；菌株的来源，保存单位（xxx单位分离及分离信息 xxx单位保存或 xxx保藏中心保存）和样本收集时间；

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3、source：是否需要NCBI注释——选择Yes；

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5、Sequence上传，信息填写

1、Files：细菌完成图如果只组装出一条染色体，没有质粒可选择选项1；细菌框架图组装出多条contig或细菌完成图组装出了多条完整的染色体/质粒可选择选项2；

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2、选择网页版上传，并将基因组中的染色体和质粒的fasta文件全部上传，上传后点击Continue进入下一步；

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3、Assignment：需要确认组装得到的染色体有几条、是否含有质粒，染色体和质粒是否为完整的环状的，以及Sequence ID需要与fasta文件中>后名字一致。在提交质粒信息的时候，质粒的命名为以“P”开头的名字或者命名为unnamed、unnamed1......

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4、填写作者名字及排序，以及该基因组是否有相关联的文章，点击Continue进入下一步；

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6、数据提交

核查已填入的信息是否有误，有问题的话返回对应的界面进行修改，确认无误后点击Submit完成本次NCBI上传。一般上传一个星期内NCBI会发邮件到邮箱，给出相应的登录号，这个登录号可直接用于后续的文章中。

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以上就是细菌基因组上传至NCBI的详细步骤，是不是已经学会了？赶快用自己的数据来试试吧！如果大家在上传过程中有任何疑问，欢迎和我们一起探讨，可在文末留言或者邮件交流（microsupport@personalbio.cn）。

下一期我们将介绍《小基因组上传NCBI的流程》，感兴趣的老师可以提前预定哦，我们下期不见不散。