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【干货】真菌基因组数据NCBI上传流程

2020-09-29

又见面了哦，本期小编继续分享NCBI上传的相关教程哦，之前小编分享了细菌基因组、小基因组（点击查看）上传NCBI的流程，本期小编将分享真菌基因组上传NCBI的流程，简单易懂，操作方便。

真菌，是一种具真核的、产孢的、无叶绿体的真核生物，包含霉菌、酵母、块菌以及其他人类所熟知的菌菇类。地球上真菌种类达160余万种,与人类生活及生命健康密切相关。以不同真菌为对象的研究在揭示生命现象与本质、工农业应用、食品及生命健康应用等方面发挥了并发挥着重要的作用。真菌种类不同,基因组大小、编码基因数量及基因组结构组成等也不相同。目前真菌的研究尚且不多，如果您发现了一株真菌具有某种特性或者新的真菌类别的话，欢迎大家来我司进行高通量测序进一步研究它哦。若您已经对菌株测序过了,那必定需要将基因组上传至NCBI的。在上传时不顺畅，遇到一些问题没办法解决怎么办？别着急，先跟着小编的步骤学习一遍，收获多多。


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基本流程

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一、NCBI注册

注册网站：

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/account/register/?back_url=http%3A%2F%2Fwww.ncbi.nlm.nih.gov%2Fhome%2Fsubmit.shtml&partners-uri=cms:/account/partners

打开NCBI注册网站，按照网页上的要求进行个人信息填写，需要注意的是此处要填写邮箱，一般不建议使用qq邮箱、163邮箱和foxmail邮箱，因为这些邮箱经常会存在接收不到NCBI邮件的现象。所有信息都填写完成后点击Create account，邮箱会接收到NCBI发过来的网站，打开此网站进行激活即可完成账号注册。

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二、基本信息填写

打开NCBI官网https://www.ncbi.nlm.nih.gov/，输入账号和密码，点击网页上的Submit栏可进入GenBank界面，找到真核生物基因组提交栏，点击进入即可开始本次的提交（或直接点击https://www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub/?form=history&tool=genbank进入提交界面）。具体步骤如下：

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1、点击New submission进入，此步操作可以得到SUB号；

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2、选择Single genome（真菌denovo测序是针对单个基因组进行的），点击continue；

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3、进入SUBMITTER完善个人信息，此处的邮箱仍然不建议使用qq邮箱、163邮箱和foxmail邮箱；

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4、General Information信息填写（此处以未申请BioProject和BioSample号为例，如果已经申请过可以直接将对应的BioProject和BioSample号直接填写即可）：

（1）BioProject和BioSample处选择NO，释放数据日期可根据自己的需要来进行选择；

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（2）组装软件、测序深度、测序平台等信息填写：

框架图项目的组装软件：A5-Miseq  版本V20160825和Spades 版本V3.12；

近完成图项目的组装软件：Flye  版本V2.5；

测序深度=测序数据量/基因组大小（我司结题报告上一般会给出）；

测序平台：二代一般为Illumina平台；三代一般为Pacbio/Nanopore平台；

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（3）填写基因组的组装信息以及是否有关联的文章，填写完成后点击Continue进入下一步；

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三、BioProject信息填写

菌株英文描述（大概100个左右word ）：描述下该菌株进行全基因组测序的目的、意义及用途（工业/农业/医疗等等）等信息(共性\不同)，填写完成后点击Continue进入下一步；

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四、BioSample信息填写

1、选择Microbe，点击Continue进入下一步；

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2、BioSample Attributes:填写物种拉丁名称及菌株名；菌株的来源，保存单位（xxx单位分离及分离信息 xxx单位保存或 xxx保藏中心保存）和样本收集时间；

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五、Sequence上传，信息填写

1、FILES文件填写:

（1）真菌框架图和近完成图组装的都不是完整的基因组，选择选项2；

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（2）选择网页版上传，并将基因组的scaffold序列全部上传，如果真菌框架图项目N数较多的话可以选择上传contig序列；

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（3）AGP文件上传：该文件在组装结果文件夹中；

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（4）注释文件上传：包含sqn文件和tbl文件，上传结束后点击Continue进行下一步；

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2、GAPs填写：此处需要根据实际的组装结果来填写，一般基因组中的N代表的是个预估值并不代表实际是多少个碱基；填写完成，点击Continue进行下一步；

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3、填写作者名字及排序，以及该基因组是否有相关联的文章，填写结束后，点击Continue进入下一步；

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六、数据提交

核查已填入的信息是否有误，有问题的话返回对应的界面进行修改，确认无误后点击Finish Submission完成本次NCBI上传。一般上传一个星期内NCBI会发邮件到邮箱，给出相应的登录号，这个登录号可直接用于后续的文章中。

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以上就是真菌基因组数据上传NCBI的详细步骤，是不是很简单？研究真菌基因组的小伙伴们赶快动起你的手指，跟随小编的步骤练习一下吧！如果大家在上传过程中有任何疑问，欢迎和我们一起探讨，可在文末留言或者邮件交流（microsupport@personalbio.cn）。

下一期我们将介绍《测序原始数据上传NCBI的流程》，感兴趣的老师可以继续关注我们哦，我们下期再见。