2020-12-04
在前面的一讲中【派森诺基因云】一键玩转QZV，带您体验纯正的QIIME 2！（点击查看），我们演示了如何通过派森诺基因云，获取物种分类组成的QZV文件，并通过QZV独有的交互可视化系统，查看比较不同样本或分组中，物种组成在门/纲/目/科/属/种各水平上的变化规律。
今天，让我们一起继续感受QIIME 2专属QZV文件的魅力。今天出场的是“主坐标分析”，即PCoA（Principal coordinates analysis），是一种经典的非约束排序分析方法。PCoA以样本距离为整体考虑，相比于主成分分析（Principal components analysis，PCA），更符合生态学数据特征，因此作为排序分析手段，更为推荐使用。在分析时，我们会依据树文件的有无计算Jaccard、Bray-Curtis、unweighted UniFrac和weighted UniFrac等4种距离度量，并输出PCoA分析结果和QZV文件。
那么，PCoA分析的QZV文件，该如何使用呢？
1、首先我们需要找到用于调整的QZV数据
① 通过“派森诺基因云”获取数据的项目：
可以在“Beta多样性分析 / 距离矩阵与PCoA分析”页面，右上方的链接中下载QZV文件：
也可以在右侧分析设置中选择不同的距离算法，点击运行之后下载相应的QZV文件：
②通过“派森诺基因云”以外方式获取数据的项目：
Treat***\2.4.1_bdiv\PCoA_3D（注意是QIIME 2版本）
2、打开网站（https://view.qiime2.cn/），点击上传或拖拽QZV文件至主页灰色方框内，即可实现QZV文件的可视化，下面就是拖拽文件后的展示效果：
至此，我们已经得到了PCoA可视化的基础效果，接下来就可以通过鼠标点点点，来调整展示形式啦~
3、通过Visualization模块，可以选择样本、调整展示角度、改变图标颜色、形状、大小、透明度以及选择作图的坐标轴等：
鼠标按住图片区域滑动，可以360°的转动图片，随后将图片调整到所需要的合适角度：
同时还可以选择Color和Shape对分组和每个样本的颜色以及形状进行调整，选择不同的颜色和形状，用来更好的展示样本以及各组间/组内的差异大小，反映微生态群落的组成结构变化趋势：
点击Axes选择需要展示的坐标轴，比如二维还是三维排序；也可以对坐标轴和标签以及背景的颜色进行调节。同时图片右侧还列出了前五坐标轴对于样本间差异的解释度，也就是坐标轴括号中的百分比，代表了对应坐标轴所能解释的样本差异数据（距离矩阵）的比例。
最后，我们需要将调整好的PCoA的图片保存下来，方便应用到文章当中：
说到这里，再给大家介绍下我们的派森诺“基因云”。在“云分析”和“云图汇”板块中，同样可以进行二维PCoA的分析和调整，只需要在分析设置中点击鼠标操作即可！我们在这里附上一张云分析中的PCoA分析图，感兴趣的老师可以了解下哦~
以上就是今天给大家讲解的PCoA分析中QZV文件的可视化方式了，大家可以根据喜欢的方式调整出图哦~如有操作问题，也欢迎讨论区留言或者发邮件给小编哟（邮箱地址：metasupport@personalbio.cn）！
