2020-12-07
小伙伴们大概已经发现了，无论哪篇单细胞测序的文章，都会告诉读者一共获得了多少个细胞进行分析，并且细胞的数量基本都在1万以上，高分文章，细胞数量则可达十几万甚至几十万。比如，这篇今年发表的nature文章，一共做了23个器官，捕获到了35万多个细胞，堪称航空母舰级别。
细胞数量，为什么这么重要？细胞数量，是越多越好吗？高分文章，一般需要多少个细胞？我们的研究中，该如何设定细胞数量？ 相信这些问题，小伙伴们一定都很关注吧。 细胞数量，为什么这么重要？ Bulk RNA测序，一般需要设置三个生物学重复。常常有小伙伴会问，单细胞测序，怎么设置生物学重复呢？一般情况下，单细胞测序的一个细胞，可视为一个重复，当然，当目光聚焦到单个细胞个体，生物学重复就需要是成千上万级别了。细胞数目越多，区别不同细胞之间的差异越精确，研究细胞间精细的差异意义越显著。所以，提高细胞总数，是一个比较有意义的建议。 高分文章，一般需要多少个细胞？ 高分文章，一般需要多少个细胞？统观目前的单细胞测序文章，大概分为两类。一是对细胞图谱的描绘，这样的工作，对各类细胞做了精确描述，细胞总数，大概都达到十万以上。这样的工作，通常会发很高的杂志，因为其数据是一个非常重要的资源，对未来的科学研究具有很大的意义。前面提到的这篇nature文章，就属于这一类。 另外一类，则是以单细胞测序作为一种研究手段，着力于研究某一个生物学问题。这样的文章，通常是更值得研究者借鉴的文章，对细胞总数的要求，也相对低一点，我们不妨挑选几篇文章，做一个详细的比较。 1、 发表杂志：Nature 发表时间：2020年 影响因子：42.788 研究领域：神经发育 细胞分选：否 共计细胞数：59379 样本数：16 每样本平均细胞数：3712 2、 发表杂志：Nature Neuroscience 发表时间：2020年 影响因子：20.271 研究领域：神经发育 细胞分选：否 共计细胞数：28726 样本数：4 每样本平均细胞数：7182 3、 发表杂志：Nature Communications 发表时间：2020年 影响因子：12.121 研究领域：新冠 细胞分选：否 共计细胞数：13239 样本数：5 每样本平均细胞数：2648 4、 发表杂志：Cell Reports 发表时间：2019年 影响因子：8.109 研究领域：胃癌 细胞分选：否 共计细胞数：56440 样本数：13 每样本平均细胞数：4342 5、 发表杂志：Cell 发表时间：2020年 影响因子：38.637 研究领域：肿瘤免疫 细胞分选：CD4+,CD8+ 共计细胞数：19839(CD4+), 10762(CD8+) 样本数：7 每样本平均细胞数：2834(CD4+),1538(CD8+) 6、 发表杂志：Cancer Discovery 发表时间：2020年 影响因子：29.497 研究领域：肿瘤免疫 细胞分选：CAF-F1 共计细胞数：18296 样本数：8 每样本平均细胞数：2287 我们的研究中，该如何设定细胞数量？ 根据以上文章，我们可见，细胞总数，一般都需要达到万级甚至十万级。而单个样本中的细胞数目，都没有超过1万。细胞浓度越高，油包水结构中捕获到双细胞的概率越高。如果想要细胞的分群更精确，细胞总数需要提高，更推荐的方案是提高样本数量，而不是提高细胞悬液的浓度。 小伙伴们，关于细胞数量的设定策略，你是否get到了呢~
