2020-12-21
单细胞测序作为解析组织异质性的研究利器，在多个领域都具有广泛的应用前景。在免疫学领域中，不同类别的免疫细胞可借由单细胞测序将不同类别细胞的转录组一一呈现和分析。免疫细胞在识别不同类别抗原，产生特异性免疫反应过程中，VDJ基因重排，呈现及其丰富的异质性。这样的异质性解析，单细胞测序系列的另一款解决方案，单细胞TCR/BCR，则是较好的研究手段。
今天，小编为大家介绍一篇单细胞TCR测序结合单细胞测序，研究新冠病人免疫图谱的文章，让我们一起学习，单细胞测序如何在万众瞩目的研究领域，发挥其技术优势。
发表杂志：Nature Medicine
影响因子：36.13
发表时间：2020年6月
关键词：新冠COVID-19，支气管肺泡灌洗液（BALF），免疫细胞，单细胞转录组测序，单细胞TCR测序
研究思路
作者用单细胞转录组测序技术对不同程度的新冠患者（3例中度感染患者、6例重度感染患者）和健康对照组（3例）的支气管肺泡灌洗液（BALF）免疫细胞进行了鉴定。最后获得31个不同的cluster，比如，巨噬细胞，中性粒细胞、髓样树突状细胞、浆状树突细胞、NK细胞、血浆细胞、上皮细胞、T细胞、B细胞等。比较了健康人、中毒感染患者、重度感染患者的细胞数目差异以及差异表达基因，分析新冠肺炎患者肺泡灌洗液中的免疫图谱。
基于免疫反应过程中抗原识别的TCR重排，作者进行了单细胞TCR测序研究。无论是克隆型数目还是克隆型扩增，ZNF683+ CD8+ T细胞在中度患者和重度患者中均存在巨大差异。因此，新冠重症患者中的CD8+ T细胞的扩增受到了比较大的影响，进一步证实了新冠重症患者中的炎症风暴。
同时，作者提到该研究的几个不足之处，包括患者数量有限且不均匀，缺乏感染前后的纵向样本。此外，由于B细胞数量少，无法分析B细胞的反应。年龄、既往疾病和免疫调节疗法的影响不能进行完全评估。然而，支气管肺泡免疫细胞的分布已经揭示了新冠免疫发病机制中的异常巨噬细胞和T细胞反应。
参考文献：Liao M, et al. Single-cell landscape of bronchoalveolar immune cells in patients with COVID-19. Nature Medicine (2019) PMID: 32398875.
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