2020-12-30
经过上一篇-关于DIA技术，你想了解的都在这里了(点击查看)，相信大家现在对DIA技术已经有了一定了解。这一次我们趁热打铁，来康康DIA技术的应用。
一起来回顾下DIA技术的优势吧： 1、全景式扫描，数据无遗漏，蛋白质覆盖率、定量准确性高； 2、样本无需分馏分上机，极大缩短了每个样品的检测周期；不受样本量限制，可用于大规模样本数量检测； 3、相比于DDA模式，DIA缺失值更少，鉴定与定量结果的可重复性更高，数据可回溯。 DIA技术到底行不行？下面我们来看一篇文章。 Optimization of Data-Independent Acquisition Mass Spectrometry for Deep and Highly Sensitive Proteomic Analysis 研究对象：人胚胎肾细胞；小鼠 期刊：Int J Mol Sci. 影响因子：4.556 发表时间：2019年11月 关键词：DIA; 蛋白质组学; label-free定量 研究背景 生物样品中蛋白质表达的动态范围非常广，而且生物学和医学领域关注的的激酶和转录因子的表达水平又较低，所以蛋白质的鉴定和定量难度大大增加。因此本文通过优化DIA和LC的条件，建立了一套高灵敏度和覆盖度的蛋白质组学分析流程。 研究结果 1.蛋白质鉴定数量 DIA-MS比常规DDA-MS鉴定到更多的蛋白质和肽段，其中oDIA-MS鉴定出的蛋白质的肽段最多，其次是nDIA-MS（图1A,B）。 图1 鉴定的肽段和蛋白质组数目 （normal window DIA- nDIA，variable window DIA- vDIA，overlapping window DIA- oDIA） 2.DIA定量重现性以及准确性 样品为人胚胎肾细胞（HEK293F digest），实验做了8个重复，并比较不同重复之间的蛋白表达丰度。皮尔森系数R≥0.99，变异系数中位数为4.41% （图2 A,B），表明oDIA的定量重现性较好。 图2 皮尔森相关分析（A）和CV柱状图（B） 样品 A ：200 ng HEK293F digest 和 20 ng yeast digest，样品B：200 ng HEK293F digest 和 10 ng yeast digest (图3C)。如火山图所示，human protein趋近于log20，yeast protein趋近于log21，表明了该技术较高的定量准确性。 图3蛋白质表达丰度火山图 3. 低丰度蛋白 共鉴定出7868个蛋白组。其中有18个上调蛋白，27个下调蛋白，在GF（germ-free mice）和 SPF（specific pathogen-free mice）比较组中共有45个显著差异的蛋白质(图4A,B)，其中包括Ino80c、Phf1、Ccnl2、Ern1和Hells等转录因子。此外有文献报道，显著差异蛋白中的S100a9， Bhlhb9、Hmgcs2、Id、 Nqo1、Carns1、Rbm3和Dab1与神经性疾病有关。 图4 GF vs SPF 火山图和热图 总结 相较于传统的 DDA 定量，DIA 定量方法具有蛋白质覆盖率和定量准确性高、不受样本量限制，可用于大规模样本数量检测、鉴定与定量结果的可重复性更高、数据可回溯等优点。 鉴于 DIA 定量二级谱图的复杂性，需要先采用 DDA 方式构建一个谱图库。建库的成本稍高，对于大样本量的老师较为适用。毕竟，还有 money，你懂的。
