2021-02-01
自从单细胞转录组在2018年被Science评为年度突破技术以来，单细胞技术为生命科学研究打开了另一扇大门，全球的科学家进入了揭示生命奥妙的快车道。2019年，单细胞多组学技术被Nature Methods评为年度技术。到了2020年，登上Nature Methods年度技术的则是与单细胞转录组测序相辅相成的“空间转录组技术”。单细胞技术正在一次又一次地创造奇迹，见证历史。
之前有销售小伙伴问我，作为小白，是否可以这样理解：只做单细胞测序就好比有一盘洗干净的葡萄，我一颗一颗都吃完了，就可以知道哪颗葡萄最甜，但并不知道这串葡萄的每一颗葡萄的位置；只做空间转录组就好比从树上摘下的一串完整的葡萄，可以知道每一颗葡萄的具体位置但并不知道哪颗葡萄最甜；而单细胞测序结合空转则可以告诉我们最甜的那颗葡萄在哪里。是的，就是这个道。
10X官网曾经对空间转录组技术有过非常权威的解读，今天小编就带着大家一起了解一下业界权威对它的评价吧~
Visium空间转录组技术是第一个商业化的可检测空间范围内的全转录组基因表达谱的技术。它给我们提供了从同一个切片上获得的两种相互补充的数据：一是切片的影像学数据，二是针对这个切片的深度的基因表达谱。
我想要在我感兴趣的区域里检测基因表达（如免疫荧光、免疫组化、原位杂交），但是空间转录组测序可以一次性地做了成千上万次实验，譬如你捕获了所有的信息，然后存储在那里。之后利用软件进行从容地查看，筛选你需要的信息。这跟以往的其它技术都不一样，如果你未得到最佳数据，就需要从头重复整个实验。
我们可以用分子释义工具，比如GSEA分析，做病理学家的工作：确定这是肿瘤，这是基质，这是免疫结构。除此之外，我们还可以定非常明确地阐释，这些细胞是由这些信号传导通路激活的，另外一些细胞是由完全不同的信号通路激活的。虽然我们在解剖学上可以看到组织学特征，但是你会想是什么分子机制决定了它们，现在我们能用10X visium空间转录组测序做这个事了。
Bulk RNA测序的时代即将过去，而如今单细胞测序正是如日中天，而空间转录组技术将是下一个未来。在未来，单细胞分辨率的空间转录组技术将成为一个标准。正如Hongkui Zeng (director of the Allen Institute for Brain Science)所说，当你在组织中有所发现，然后再回溯到空间分辨的单细胞遗传信息，如果您投出的论文中没有进行空间全转录组的测序，编辑的常见反应将会是问你“为什么不呢？”
