2021-02-07
Q1、10X单细胞测序可以研究什么RNA？
10X单细胞测序利用polyT标记polyA，因此含有polyA的mRNA可以通过10X单细胞测序方法进行研究，包括真核生物的mRNA，lncRNA，以及有polyA的部分病毒的RNA。不含有polyA的mRNA，如miRNA，circleRNA、原核生物的mRNA以及核糖体RNA，则不能用现有的方法进行分析。除mRNA以外的研究，可参考以下文章： LncRNA的单细胞水平研究： 病毒的单细胞水平研究： Q2、都是单细胞测序，10X单细胞测序和smart-seq有什么区别？ smart-seq是一个细胞建一个文库，因此价格是按照细胞数目进行计算的，这决定了当细胞通量达到较大数值时，项目预算会非常巨大。10X是一个样本一个文库，单个样本的细胞数目是几千到一万，因此价格核算到细胞水平，每个细胞的价格在几元。因此10X单细胞测序更有利于高通量的单细胞转录组研究。Smart-seq是一个全长转录组的测序，10X单细胞只针对3’端或5’端的150bp的测序，因此，如果想要关注全转录本的序列，smart-seq是更好的选择。10X仅适用于直径在40um以下的细胞，因此，若想要研究直径较大的细胞，可选择smat-seq或者10X的单细胞核测序。 Q3、10X单细胞测序和smart-seq可以放在一起分析吗？ 可以的。 不过数据需要标准化。通常需要比较大量的smart-seq数据才可以。 联合分析可参考以下文章： Q4、单细胞悬液制备有困难怎么办？ 派森诺的单细胞悬液制备团队可为客户的高度个性化样本进行一对一的研发，涵盖了包含人、小鼠及其它多个物种的骨骼、肌肉、脊髓、大脑等多个组织类型。如果有困难，联系您的派森诺销售顾问吧，相信会收到意想不到的惊喜~ Q5、组织样本不适合运输怎么办？ 派森诺的单细胞建库团队可为客户提供上门建库服务。无论时间，无论地点，仅需一个电话，随叫随到的贴心服务立刻送达，让样本在最佳状态下完成检测。 Q6、细胞捕获效率不好怎么办？ 针对细胞捕获效率，派森诺提供了多次质控过程。首先，建库过程中提供一个油包水结构的图片，显示油包水已经正常形成；其次，建库完成后提供文库质控结果，显示已经有足够数量的cDNA形成文库；再次，提供10G免费试测和分析服务，显示细胞捕获、基因组比对和细胞内基因表达情况。层层把关，让实验的每一步都安安心心。 Q7、拿到数据不知道怎么用怎么办？ 这是发表文章的关键所在，也是研究者需要不断思考的问题。小编根据不同文献整理了几个可供分析的出发点，谨供参考。 1. 从case组是否存在特殊类群细胞出发； 2. 从case组和control组的特定细胞类群的数目出发； 3. 从case和control组的差异表达基因出发。 特殊细胞类型： 检测到肿瘤病人组织特有的细胞类群TSK，分析这群细胞在组织上的分布，确定这些细胞在肿瘤扩展中的意义。 细胞数目： 发现在case组中的两个细胞类群（小胶质细胞和星形胶质细胞）的细胞数目存在差异；进而关注到这两类细胞，将这两类细胞进行重新分群，发现case组的subcluster0和1的细胞数目存在差异；进而关注到这两个亚群的细胞，分析这两个亚群的marker基因。 差异表达基因： 分析case和control的差异表达基因，此处设置了青年组，中年组和老年组三组的两两比较。首先比较了不同细胞类型在组间的差异基因，并挑选了随着年龄增长表达上调和下调的基因，做拟时序分析，针对某一个geneset，分析geneset在组间的差异。分析组间差异的转录因子和下游基因，以及组间差异基因的GO分析。
