2021-02-09
转录组文章收藏越来越多，转录组研究思绪却越来越乱，该怎么办？
转录组数据挖掘过程中发现疑点难点，之前好像看到过解析，却找不到了怎么办？
就不能有一篇可以解决所有烦恼的文章来拯救一下在崩溃边缘的我吗？！
……
他来了，他来了，他带着转录组干货技巧总结来了！
前期信息准备，中期深度挖掘，后期验证分析，统统都有！
仅收藏此一篇，让你从转录小白成长为RNA-Seq大神不再是梦！
在此新春佳节来临之际，我们把之前推送过的一些转录组技巧类文章进行汇总，包括做项目前的准备，拿到数据时的解析以及后续功能的验证等等。以此为各位做转录组项目的老师献上一份派森诺独有的祝福礼！
做转录组项目前期
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研究的物种是否有参考基因组是做转录组测序之前首先要确认的一个问题，这决定了我们是做有参转录组测序还是无参转录组测序。不同的项目对应的分析方法不同，在这两篇文章里给大家详细的介绍了如何在一些主流数据库（Ensembl数据库、NCBI数据库）找参考基因组和一些特殊物种的数据库（UCSC数据库、JGI基因组数据库、柑橘类基因组数据库、 蔷薇科基因组数据库等）找参考基因组。
待确定好自己的项目是做有参转录组还是无参转录组之后就可以准备样品送检测序了。测序又涉及一个新的问题，我是建链特异性文库还是非链特异性文库呢？两者有何区别呢？下面的文章也许能解决您的烦恼。
质检是转录组测序的一个关键环节，质检结果的好坏直接影响着测序质量的高低。而质检报告最难读懂的部分莫过于胶图和峰图，RNA提取是否合格？样本有无污染？在质检报告中一般都会体现。
数据挖掘阶段
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在满怀欣喜的拿到转录组测试结题报告时，有很多初接触的小伙伴会产生满脑子的问号？这是什么？我应该怎么看？这么多数据哪个才是重点？有此疑惑的小伙伴可以看下这篇文章，带您快速了解转录组测序结果的三大部分，着重关注重点分析内容。
转录组测序是出图的利器，写文章的话也会涉及很多图片，这些图片都有什么含义呢？又该如何使用介绍呢？可以参考下面这篇文章的详细说明。
到底选择Basemean还是FPKM？
差异分析，是做转录组测序永远也绕不开的一个话题，而差异分析中用于比较的两个数值Basemean和FPKM同样也是大家比较容易混淆的概念。下面两篇文章从计算方法演示以及概念解读方面来介绍了他们两者的区别，还没弄明白的小伙伴可以猛戳下文学习。
看懂结果是解读数据的开始，而如何把结果和最终的课题相关联才是我们的最终目的，且看这篇文章是如何挖掘关键基因的。
在挖掘分析的过程中，会发现每个分析版块的注释内容都有些许差异，那么怎么才能把它们对应的表达量、差异结果和注释信息等放到一张表里呢？
其实只需要EXCEL表里的一个小小函数（VLOOKUP），就可以轻轻松松帮您把所有的信息整合到一起了。
做完转录组项目后
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分析挖掘完数据，找到了自己关注的hub基因，下一步大多就是要做qPCR验证。那么问题就来了，有参、无参、CircRNA、LncRNA...？这么多类型我该如何找到它们的验证序列呢？下方文章详细讲解了转录组各个项目的序列查找方法，欢迎有需求的小伙伴点击查阅。
qPCR验证完了，但是结果总是与预期不太符合，验证不上就很让人苦恼了。这篇文章就为大家详细的分析了出现验证不上的几种原因，可以针对这些原因来进行排查纠正。
如果想发高分文章，除了qPCR之外，还需要从多个角度对实验结果进行验证。对于转录组测序后的其他验证方法，这篇文章也给出了详细的答案。
数据分析和文章撰写都完成了，接下来就是满满的收获季节了。但是不要忘了转录组在文章发表前大多都需要上传数据到相关的数据库。这里为大家推荐我司的一篇软文，数据上传按部就班So easy~
好了，以上就是今天为大家分享的所有内容了，也是为我们转录组技术类文章做了一个总结。接下来我们也会持续发表更多的文献解读以及干货类软文，为您的科研发展助力！欢迎关注我们，一起在转录组大神这条路上越走越远~
