2021-03-17
韦恩图，又称为venn图，是我们在日常数据处理过程中经常用到的一种图。图虽小，但实用性却非常高！
做转录组项目，重要的就是看每个基因的表达量，根据表达量差异找出差异基因，从而研究差异基因的功能。而在作图之前重要的就是按照特定条件找出差异基因，此方面我们分为三类来介绍如何按需筛选差异基因：
1.共有差异基因；
2.共有上调基因或共有下调基因；
3.一组上调，另一组下调基因。
在转录组项目提供的结果中，有一个差异基因汇总的表格名为diff_gene_of_all_groups，它就是我们今天数据来源的主角了，一般安安静静的躺在这里：
我们通篇软文干货的讲解都以此数据为基础，我们假设有四个分组：A、B、C、D
六个比较组：A_vs_B、A_vs_C、A_vs_D、B_vs_C、B_vs_D、C_vs_D
在Excel表格中有一个多条件筛选功能，这个功能对于提高效率有着质的飞跃：
1. 共有差异基因
在diff_gene_of_all_groups表格中，上调的基因标为up，下调标为down，--为非显著差异基因。假如我们想查找在A_vs_B、A_vs_C中的共有差异基因，只需要按以下操作：
①点击筛选
②选择A_vs_B组
③选择up和down（上调和下调）
④A_vs_C组进行同样操作
此时第一列筛选出的所有基因即为A_vs_B和A_vs_C两组共有的差异基因，下图：
同理如果想筛选出三组或更多组的共有差异基因都可按此来操作。
2. 共有上调基因或共有下调基因
有了上面的铺垫，我们接下来的讲解就变得容易了很多，共有上调（下调）基因只需在1的基础上，把③和④（选择up和down）改为选择up（或down）即可。
3. 一组上调，另一组下调
前面操作一致，只需要在上述操作中把③和④分别改为A_vs_B选择up且A_vs_C选择down。
同理如果想要获取多个组不同类型（上下调）的共有差异基因，可以根据需求在比较组中自由选择。
讲到这里，我们作图数据就算是整理好了，接下来开始讲解本文的主体部分，韦恩图的制作。韦恩图的制作网站和方法千千万万，我们这里选取典型的三种来为大家讲解。
一、云分析
如果您的项目是我们的真核有参转录组云平台项目，那么韦恩图的制作对您来说就要相对简单一些，因为我们的云平台会自动的将您的比较组进行整理罗列，您只需按照下图方式进行选择，即可自由选择比较组制作韦恩图。
除此之外，还提供了一些简单的图表调整：
当然您也可以在分析设置界面，自由调整分组方案以及比较方案：
二、派森诺基因云的“云图汇”小工具
韦恩图作图网址：https://www.genescloud.cn/chart/VennPlot
在使用小工具之前要先注册一个账号，注册完成后就可以使用所有小工具了（免费哦~），除了韦恩图之外还有很多其他实用小工具供选择，感兴趣的老师可以去网站看一看。
还是以上文原始数据为例，如何制作A_vs_B、A_vs_C、A_vs_D三个比较组上调基因的韦恩图呢？
首先，将每个比较组中的上调基因筛选出来：
参照上文Excel筛选功能，将A_vs_B组筛选处选为up，第一列中的gene_id即为A_vs_B组所有的上调基因。将其单独放到一个Excel表格，并标为A_vs_B列。
同理筛选A_vs_C和A_vs_D比较组：
注意：细心的老师可能已经发现了，在筛选A_vs_C和A_vs_D比较组时，A_vs_B比较组的筛选条件已经从up调回了all（即--+up+down）。在选取一个比较组的上调基因时一定要确保不受其他组干扰！
将三组合并到同一个Excel之中：
此时我们的作图数据已整理完毕，但是我们的云图汇小工具暂时只支持txt、tsv、csv三种格式，所以我们需要做一步格式转换，右击另存为文本文件或者CSV格式即可。
最后按照图示顺序上传数据即可：
可点击上图4处下载高清PDF格式图片。
另如果想知道上述交集处数字9代表的是哪些基因，应该怎么做呢？
当然简单的方法即是点击数字9即可在下方滚动区域显示gene_id列表。
除了上述方法外我们还有另一种方法可以选择：
只需要按照上述筛选功能在Excel表格中倒推即可。选择在三个比较组中都上调的基因，下图所示第一列即为在三个比较组中都上调的基因（正好是9个，还可验证作图是否正确）：
同理也可推出其他交集数字所代表的基因是哪些，按照比较组上下调关系筛选即可。
三、韦恩图在线绘制网址-jvenn
网址：http://jvenn.toulouse.inra.fr/app/example.html
如上图所示，该网站整体界面非常简洁，可以直接将gene list粘贴到网站上无需上传文件，且支持最多六个比较组的韦恩图制作（上述两种方式最多只能制作五个比较组的韦恩图）。也可在右下方自由更改组名以及填充颜色。
该网站还支持直接导出CSV格式的表格，方便直接查看各个比较组的共有差异基因：
以上就是今天给大家介绍的三种韦恩图作图方式了，是不是既简单又实用呢~大家可以根据自己的喜好来进行选择。
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