2021-05-06
对于QIIME 2云分析，我们悉心整理了各个分析模块中的热点分析内容，推出了“5分钟小课堂系列”。通过上一讲的MetagenomeSeq分析，相信大家对差异分析有了更深入的理解。今天我们将继续对“物种差异与标志物种分析”中的LEfSe分析这一差异分析工具进行讲解。 LEfSe分析 LEfSe（LDA Effect Size）分析是一种将非参数的Kruskal-Wallis以及Wilcoxon秩和检验，与线性判别分析（Linear discriminant analysis，LDA）效应量（Effect size）相结合的分析手段。与MetagenomeSeq分析类似，LEfSe分析也是一种差异分析方法；但LEfSe分析可以直接对门/纲/目/科/属/种的各级分类水平同时进行统计检验和差异分析。同时，LEfSe更强调寻找分组之间稳健的差异物种，即标志物种（Biomarker）。它的一大特点是，不仅局限于对不同样本分组中的群落组成差异进行分析，更可以深入到不同的子分组（Subgroup）中，挑取在不同子分组中表现一致的标志微生物类群。 LEfSe分析原理 LEfSe的分析结果包括两部分，分别是物种分类学分枝图（Cladogram），用以展示在各组群落样本中显著富集的标志物种的分类学层次分布；以及显著差异物种LDA值分布柱状图，用以展示每个组内显著富集的物种（注意不显示显著下调的）及其重要性程度。 （点击看大图） 物种分类学分枝图（Cladogram）图解 需要注意的是，LEfSe分析中，标志物种的筛选有两个阈值，即P＜0.05、且LDA≥2（默认，越高越严格），只有同时满足这两个条件时，该分类单元才能被认为是标志物种。 （点击看大图） 显著差异物种LDA值分布柱状图图解。由图可知，放线菌门（p__Actinobacteria）在组间存在显著差异，且在A组（蓝色）中被显著富集，丰度最高（即A组中的放线菌门的丰度显著高于其他各组）；同时，放线菌门的LDA得分值大于其它分类单元，表明其对组间差异的影响更大。 以上就是本次的QIIME 2云分析内容的讲解哦，我们也衷心欢迎大家进入基因云（https://www.genescloud.cn/）尝试使用，更可多多关注我们已经上线的网络直播系列课程，每周四下午15:00不见不散，大家一起在线互动交流哦！
