2021-05-07
2020年，“空间转录组技术”被评为nature methods年度技术，开启了解析组织异质性的新纪元。10X空间转录组技术依赖于冰冻样本进行实验，然而，长期保存病理样本的标准化方法是FFPE（福尔马林固定石蜡包埋）处理，研究者多年积攒了大量临床上患病和正常组织的样本资源，是珍贵且来源广泛的生物医学研究材料。
10X Genomics旗下新推出的Visium FFPE空间基因表达解决方案，使得Visium Spatial Gene Expression技术不再局限于冰冻组织切片，能够从FFPE样本中以高灵敏度和高特异性分析相关基因的表达，允许结合更广泛的病理信息和预后信息，筛选生物标记物、进行回顾性和纵向研究，揭示更广泛更深入的生物学问题。
Visium FFPE原理示意图
VISIUM FFPE的实验流程
A. 将FFPE组织切片置于Visium基因表达玻片上，进行组织学成像(H&E用于形态学背景，IF用于蛋白质共表达检测)。载玻片上的每个捕获区域都有一个oligo阵列，每条Oligo上包含与RNA结合的捕获探针，该oligo同时具备描述空间信息的标记性序列，以及文库构建所需测序。FFPE组织的基因表达信息与位置信息被该款载玻片捕获，并完成文库构建，然后，通过常规的测序检测和数据的可视化呈现，我们便可以确定哪些基因发生表达，在哪里表达，以及表达的数量。
B. Visium FFPE检测采用RNA模板连接探针(RTL)，针对基因编码转录组中特定基因的成对探针与它们的基因靶标杂交，然后彼此连接，组织透化后，基因表达信息被芯片捕获。
Visium FFPE的产品特色
● 使用已存档的生物库样本进行生物标记物发现
● 进行回顾性研究和纵向研究，以追踪特定时间内的生物学过程
● 通过结合免疫荧光技术，同时进行蛋白和基因表达可视化检测
● 与H＆E技术结合进行形态学分析，充分挖掘珍贵的组织样本中的信息
Visium FFPE与冻存样本具有一致的高敏感性、特异性和可重复性
A. Visium FFPE的数据与Visium新鲜冷冻组织的数据具有高度相关性，显示了两种方法之间的可比性和高灵敏度；B. Hpca的mRNA的空间表达数据显示，在新鲜冷冻和FFPE样品的海马中均有表达，与已知的表达模式一致，表明了Visium对FFPE的特异性；C. 从小鼠大脑FFPE样本中连续切片，通过Visium FFPE分析，结果数据显示出高重现性。可在人乳腺导管癌原位FFPE样本中检测到18,000个基因。
Visium FFPE对保存的FFPE组织样本进行了全组织覆盖的转录组分析
A. H&E染色图像，覆盖了来自FFPE的WTA数据；B.总基因；C.聚类分析；C.关键乳腺癌基因（ERBB2 (HER2)，孕酮受体(PGR)和雌激素受体(ESR1)）的表达水平和空间组织位置分布。
Visium FFPE网络研讨会
派森诺提醒您，若有兴趣了解有关Visium FFPE空间基因表达的更多信息，您可以扫描下方二维码注册参加将于北京时间5月11日上午11点举办的网络研讨会，其中包括工作流程入门，样品制备，数据分析和可视化等。
