2021-05-25
IGV（Integrative Genomics Viewer）是一款本地即可使用的可视化工具，安装简单，操作便捷，支持数据多元且非常实用！只需导入参考基因组文件以及bam文件（IGV支持多种文件类型，这里我们主要以转录组结果提供给老师的bam文件为例），即可对转录组的比对结果进行可视化浏览！
什么？你还不会操作？别怕，小派已经准备好了IGV保姆级操作指南，带你轻松玩转IGV！
No.1 IGV文件准备
除了备好IGV软件（注意要在安装java的前提下），还要对应的参考基因组文件，也就是本地的基因组fa文件，注释文件gtf。这里每个文件都需要有对应的index，fa文件需要有对应的index文件fai，bam则需要对应的bai文件：
缺少index文件也可使用IGV来生成，点击Tools→Run igvtools：
Command选择Index，Input File选择需要生成index的文件，点击Run，即可生成需要的index啦！
No.2 IGV数据可视化
点击Genomes→Load Genomes From Files导入基因组文件：
点击File→Load from File， 导入gtf和bam文件，即可进入如下界面：
可以在“1”的位置输入需要查看的基因所在的染色体及位置（在转录组结果中的Annotation表均有提供对应信息）即可快速查看到该基因的具体情况，包括基因结构、转录组每个样本中该基因的reads覆盖情况。可以通过“2”的位置可以放大或缩小视野范围，放大到一定程度可以查看到序列信息，同时也可以查看发生的插入或突变的具体情况。每个碱基拥有特定的颜色，可以看出下图中突变的位置在参考基因组上该位点碱基为A，所测到的该条read在该位置碱基突变为C：
No.3 IGV常见设置
在IGV中，在不同位置单击鼠标右键会出现不同的菜单栏，可以进行多种操作，这里我们只列举一些常见设置：
细心的同学已经发现了，大名鼎鼎的sashimi也出现在了菜单栏中。没错！只要单击sashimi plot，选择需要进行分析的样本，就可以一键获得文章中常用于展示可变剪切的刺身图啦：
看过这篇使用指南，是不是发现IGV操作也不过如此！其实小派这里只是展示了转录组数据可视化的一些常规操作，IGV还拥有非常丰富的功能和用途。
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