2021-07-30
派森诺基因云自从发布以来，一直以简单的操作、高颜值的图片和良好的体验感深受广大老师和同学们的喜爱。其中的云图汇模块，不仅提供了数据统计分析和可视化作图功能，“所见即所得”，同时也成为了PPT制作、组会汇报、文章写作作图、甚至是基金申请作图的利器！
差异统计检验是科学研究的重要组成部分，其分析结果可用于检验我们实验结果的真实性、准确性和可重复性。云图汇最近推出的差异检验箱线图，理论上可用于任何数据的差异检验分析。
对于微生物组研究，除了使用箱线图比较不同样本组间，Alpha多样性指数的差异大小，我们还可以对不同物种的丰度或功能基因的含量进行组间差异统计检验，从而获得组间具有显著差异的物种组成和功能基因。这类分析，都可以在云图汇中，一键完成哦~
手把手教您绘制箱线图，比较组间差异物种
步骤1
首先，我们需要从云分析模块中，下载菌群的物种组成丰度表。我们在云平台上提供了两种下载途径：
1. 点击进入“序列处理分析→物种分类学注释”，选择“表(Tables)”标签，并在页面下方选择“点击下载各分类学水平下的分类单元丰度表”，下载后解压即可获得各分类学水平下的分类单元丰度表，包含门/纲/目/科/属/种各个分类水平下的物种组成和丰度数据表（.xls文件）。
通过“物种分类学注释”下载获得的各分类学水平下的分类单元丰度表
2. 依次点击进入“物种差异与标志物种分析→物种组成热图”，选择“表(Tables)”标签，点击右上角“下载按钮→下载xls文件”，获得“分类单元丰度表.xls”，从而获得在指定分类水平下（默认为属水平，可以按需调整），相对丰度排名最高的若干个物种（默认为Top 20，可以按需调整数量）在各样本中的丰度数据表（注：若需要对菌群的分类水平及物种数量进行调整，可以在右侧的分析设置侧栏中，选择“分类水平”和“物种数量”进行调整）。
通过“物种组成热图”下载分类单元丰度表
步骤2
用Excel打开下载的“otu_table_*.xls”或“分类单元丰度表.xls”（若出现“是否仍要打开”的提示，选择“是”即可）。我们以属水平的菌群为例，两个数据表中，第一行均为样本名称，第一列为属水平的物种名称，展示的是各物种在各样本中的相对丰度。
用Excel打开的“otu_table_genus.xls”
用Excel打开的“分类单元丰度表.xls”
步骤3
从下载的表格中筛选需要进行组间差异统计的物种，不关注的物种可以直接删除整行数据。我们以属水平的“分类单元丰度表.xls”为例，我们保留属水平Geobacter、Anaeromyxobacter、Sideroxydans、Defluviicoccus、Spirochaeta_2这5个物种，用于后续分析。
筛选后用于差异统计分析的物种数据
步骤4
对筛选的物种丰度表进行格式调整，这里需要用到Excel的转置粘贴功能：“Ctrl+A全选数据→Ctrl+C复制→新建Excel表格→右键选择性粘贴→点击转置→确定”。这样，物种和样本数据就完成行列转换啦！
数据进行转置粘贴
转置粘贴后的物种组成数据
完成上述操作后，在Excel中另存为“文本文件(制表符分隔)”，即保存为txt文档格式。
选择“是”，将丰度表另存为“文本文件(制表符分隔)”的txt格式文件
步骤5
填写分组信息，在Excel中另存为“文本文件(制表符分隔)”，保存为txt文档格式。
填写分组信息，并另存为txt文档
步骤6
现在，让我们再回到基因云，点击进入“云图汇→差异检验箱线图”（对应网址：https://www.genescloud.cn/chart/SigBoxplot），上传数据文件和分组文件，并点击提交绘图，即可得到差异检验箱线图：
在“差异检验箱线图”模块中，上传数据文件和分组文件并提交绘图
属水平Geobacter、Anaeromyxobacter、Sideroxydans、Defluviicoccus、Spirochaeta_2共5个物种的差异检验箱线图
图中，每个物种对应一个箱线图子图，其中展示了Kruskal-Wallis非参数检验获得的组间总体差异的P值、以及各组之间Dunn’s test事后两两比较获得的差异显著性水平的标记（*，P<0.05；**，P<0.01；***，P<0.001）。
步骤7
细心的小伙伴可能已经发现，物种Anaeromyxobacter由于名称较长，在图中展示不完整。这时，我们可以通过右边侧栏的“图表调整”标签，按需调整图片的配色、字体大小等参数，进行美化设置哦：
通过“图表调整”对差异检验箱线图进行定制调整
步骤8
调整完成后，点击图片右上角的菜单按钮，即可下载保存所需格式的图片文件，推荐保存为无损的PDF格式哦！
下载保存所需格式的差异检验箱线图
下载获得的差异检验箱线图（示例）
这样，一张高颜值的差异检验箱线图就完成啦！当然，我们也可以使用更多的物种数据进行绘图，比如这样：
通过“物种组成热图”获得的属水平Top 50物种的差异检验箱线图
这样的作图分析，是不是既方便，又简单实用呢？小编再偷偷告诉大家，其实除了微生物组的物种丰度数据，其它只要包含分组和数值的数据矩阵（比如表达量数据、生理生化指标数据、环境因子指标数据等等），都可以通过“云图汇→差异检验箱线图”进行一键分析哦！大家快来派森诺基因云体验吧！
