2022-07-29
物种关系Circos图，在微生物群落研究中可用于展示物种-样本丰度关联关系。该图由柱状图+和弦图组合而成，它能够很直观地反映出各物种在样品/分组中的丰度，以及各个样品/分组中所含物种的丰度信息。
一、图形解读
第一圈：ASV/OTU物种注释信息中某一个分类水平、各样品或样品分组信息；
第二圈：ASV/OTU在样品中相对丰度的百分比信息；
第三圈：ASV/OTU与样品主区块，以不同颜色进行区分，区块外的刻度为ASV/OTU的绝对丰度信息；
第四圈：ASV/OTU及样品副区块，与主区块（第三圈）对应，展示了ASV/OTU在各样品中的丰度，以及各样品所含每种ASV/OTU的丰度信息；
第五圈：展示ASV/OTU、样品关联信息的连线，与ASV/OTU及样品副区块（第四圈）相对应。
二、数据准备和格式说明
2.1 数据格式
上传文件至少三列，第一列为ASV或OTU的ID，最后一列为该ASV或OTU的物种注释信息，其间各列为这些ASV或OTU在样本中的序列丰度。
可选择是否需要上传分组文件，有分组文件时，则展示物种在每个分组间的丰度信息。分组文件第一列为样品名称，第二列为分组名称，第一列样品名称需要和上传文件中一致。
2.2 数据获取
项目用户可以进入微生物多样性组成谱分析页面，在【 序列处理分析 → ASV/OTU表抽平 】点击下载丰度信息表文件后，用excel筛选需要的数据另存为制表符分隔文本文件即可。
三、图形功能介绍
3.1 调整物种和样本的颜色
分别对物种和样本进行颜色的调整，左边为物种，右边为样本。
3.2 调整物种-样本的间距
我们提供了公式：间距 ≤ 360°/（物种数目+样品 or 分组数目）用于计算物种-样本的最大间距，可在最大间距范围内，调整出最合适的呈图效果。
3.3 调整物种和样本的连线样式
调整连线的方向为：
● 物种-样本（从物种出发，向各个样本分散）；
● 样本-物种（从样本出发，向各个物种分散）；
● 双方向（物种到样本，样本到物种）；
● 无方向。
以及设置连线的样式为色块或者箭头。
四、数据设置
可调整需要展示的丰度数目（相对丰度最高的n个物种），分类水平以及相对丰度排名计算方式。
五、其他设置
可分别显示，绝对丰度标签（即内圈数值刻度）和相对丰度%标签（即物种内样本组成百分比），以及外圈标签。
