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从Nature一作出发,解密课题研究思路设计与发文经验 ——黄永财博士&王海海副研究员

2022-11-22

今天派森诺力邀合作客户——来自中国科学院分子植物科学卓越创新中心巫永睿研究团队的黄永财博士&王海海副研究员,详细深入地解密Nature文章背后的课题设计与发文经验。(请点击:派森诺动植物基因组客户文章荣登Nature正刊,喜获IF69.504 好文!

玉米根据用途分为食用玉米与饲用玉米,其中后者占约70%,中国饲料“最卡脖子”的问题是饲料中需要添加大豆蛋白,而我国大豆超85%依赖于进口,所以提高玉米蛋白含量是保障国家粮食与饲料安全的重大战略需求。本研究成功从野生玉米中克隆出控制玉米高蛋白品质形成和氮素高效利用的关键变异基因THP9,能显著将杂交种籽粒蛋白含量。

为了让大家从这篇Nature文章学习到更多经验,派森诺小编专门到巫老师课题组与巫老师、黄永财博士、王海海副研究员进行深入的沟通交流,从2017年的Plant Cell 到2020年的Nature Communications,再到今天的Nature,派森诺与巫老师课题组一直保持不间断的持续合作,在巫老师的办公室交谈中他还高兴地拿出了Plant Cell那个封面的摆台与派森诺小伙伴一起合影。

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左起第二~第四位分别为黄永财博士、巫永睿研究员、王海海副研究员

小编还特别对两位一作黄永财博士&王海海副研究员进行了专访。希望大家都能从此次访谈内容中收获以下几点:

1、研究课题的整体设计与思路;

2、努力后暂时得不到预期结果怎么办?如何调整思路克服困难?

3、发Nature过程中心理历程的分享;

4、发高分文章的经验总结。


长达四十分钟的访谈内容很多,两位老师最想与大家分享的部分小编也以文字的形式展现给大家。

Q1历经10年坚持,解决玉米的世纪难题——寻找“丢失的”蛋白密码基因,最早这个课题是如何开始的呢?课题的背景是什么呢?


黄永财博士:第一,世界范围内无数的团队在瞄准高蛋白做研究,巫老师在国外做博后期间在玉米蛋白品质研究方向有深厚的知识积累与储备;第二,将玉米高蛋白基因的知识产权牢牢握在中国人自己手中。


Q2整个课题设计经过哪些历程?做了哪些尝试?有没有一些课题设计&取样相关的经验分享给大家?


王海海副研究员&黄永财博士:课题的设计首先是克隆基因,然后是构建遗传群体,最后是多年多点的基因验证。整个课题做了各种尝试,能想到的几乎都试过,比如GWAS、遗传图谱等,最后选择用BSA的方法定位到一个比较大的区间,虽然知道就在9号染色体上但再往下很难缩小范围。考虑到野生玉米基因组的复杂性上海师范大学的王文琴教授带领团队解决了这一拦路石,之后再采集材料进行BSA定位结果才得到比较好的结果。


Q3课题在未知探索中印象最深刻的困难是什么?如何克服的?


王海海副研究员&黄永财博士:遇到的困难太多了!背后的故事写几本书都不为过,历历在目。蛋白含量是一个复杂的数量性状,肉眼很难直观辨别,每年上万株玉米,每一株都要编号、测量、记录等,工作量巨大,结果未知,每一代都觉得该得到好的结果了,但现实是残酷的,如此反复,一遍遍的打击,体力与思想双透支,但是我们依然坚信那个基因就在那里等着我们,凭着坚定的信念走到今天!


Q4目前已经找到控制玉米蛋白含量的一个基因,是否也找到了其他影响蛋白质含量的基因?


王海海副研究员&黄永财博士:相关的工作已经有了答案,高蛋白的课题是分多步走的,找出THP9基因只是第一步,第二步是找到更多的影响高蛋白的基因,接下来是如何在产业上广泛应用。


Q5是否可以总结一下高分文章发文经验?


王海海副研究员&黄永财博士:材料群体足够大、表型鉴定准确、与公司合作充分沟通、多方的沉浸式投入,缺少任何一个环节都不可能有现在的结果。


访谈虽然结束,但派森诺与巫老师的合作依然在持续。每一个课题都是个性化的设计,派森诺的每一次分析也都会与之匹配,期待与大家更多更深入的交流!如需进一步讨论,欢迎发邮件或者致电我们哟(邮箱地址:genome_support@personalbio.cn,联系电话:021-64502808-8203)!