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快来解锁韦恩图/upset图使用场景

2022-11-23

在生物信息学研究领域中,韦恩图花瓣图upset图都可以用来观察所有样本(组)间的共有信息以及每个样本(组)独有的信息。但是它们使用的场景不同,韦恩图适合组别较少的数据,当组别大于5时,韦恩图呈现的绘图效果复杂不美观,此时花瓣图/upset图是个非常不错的选择,下面就一起看看如何使用花瓣图/韦恩图/upset图吧~


一、韦恩图 / upset图 / 花瓣图介绍

1.1 韦恩图

韦恩图是一种用于显示集合重叠区域的关系图表,通过图形之间的重叠来反映数据集之间的相交关系。主要用于展示 2-5 个分组

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1.2 upset图

upset图 展示多个集合之间的共有或特有元素,主要用于展示 3-7 组(目前设置最大的是7组)。

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1.3 花瓣图

花瓣图主要用于展示各个样品独有以及共有的元素个数分布情况,主要用于展示6个以上分组。

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二、在微生物多样性分析中的应用

2.1 进入绘图界面

若是基因云项目用户,可以通过项目中心相应项目编号,进入微生物群落多样性组成谱分析系统页面,找到【 物种差异与标志物种分析 → ASV/OTU韦恩图 】这一章节,进行绘图使用。

若是非基因云项目用户,可以在首页云分析模块,通过点击【立即体验】按钮进入相应章节绘图界面,体验试用哦。

2.2 调整参数

  • 图表调整提供花瓣宽度以及中心透明度等调整参数。

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  • 切换不同图表类型为经典韦恩图齿轮韦恩图花瓣图

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三、在转录组分析中的应用

3.1 进入绘图页面


若是基因云项目用户,可以通过项目中心相应项目编号,进入真核有参转录组分析系统页面,找到【 表达差异分析  → 差异基因韦恩图 】这一章节,进行绘图使用。

若是非基因云项目用户,可以在首页云分析模块,通过点击【立即体验】按钮进入相应章节绘图界面,体验试用哦。


3.2 图表切换


可切换花瓣图韦恩图upset图

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3.3 upset图解


下图以各比较组之间基因差异表达情况为例,upset图详细展示了两两比较组间独有的及共有的差异基因数目。

三个比较组:A_vs_B、A_vsC、B_vs_C;

左边柱子:展示了3个比较组各自的差异基因数目;

上边柱子:需结合右下方交集点图查看。以第一根柱子为例,展示了A_vs_C和B_vs_C两个比较组之间共有的差异基因数目;以第二根柱子为例,展示了A_vs_C独有的差异基因数目。

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