2022-12-08
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单细胞和空转技术宣传如火如荼，那么它们到底是如何解决科学问题的呢，小派再来做个简述~~
单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术目前已经成为解开单个细胞内RNA转录本的异质性和复杂性，以及揭示高度组织的组织/器官/有机体中不同细胞类型的组成和功能的最先进方法。但是scRNA-seq可以识别组织内的细胞亚群，却不能捕捉它们的空间分布，也不能揭示作用于细胞间通讯的局部网络。因此为了解决这一问题，空间转录组应运而生，空转技术不仅能够带来转录组信息，同时还提供空间信息，帮研究者更好辨别转录的位置。因此scRNA-seq和空间转录组学搭配起来，可以在其天然组织环境中定位具有转录特征的单个细胞。整合scRNA-seq和空间转录组学数据可以增加人们对特定细胞亚群的作用及其在发育、稳态和疾病中相互作用的理解。
单细胞测序技术在不同物种的应用（文献1）
单细胞和空转联合分析应用解析（文献2）
我们知道细胞本身包含DNA，RNA，蛋白质，代谢产物等多种分子，各种分子共同作用组成系统整体。因此单一的转录组并不能全面体现细胞的变化。为了更加全面系统的解读生命机制，单细胞多组学越来越受到广大科研工作者的青睐。了解了单细胞和空转搭配的好处，那么具体二者或者和其他组学要怎么来进行设计搭配呢，不急，小派整理了以下思路可供参考：
单细胞多组学整合研究
文献思路可以参考 (点击标题查看)：
1、单细胞与空间转录组联合解析人体肠道发育的时空变化
2、Nature│空间多组学测序绘制人类心肌梗死图谱
3、单细胞转录组+bulk转录组+代谢组联合研究解析肌肉内脂肪浸润对骨骼肌发育的影响
参考文献：
[1]Jovic D, et al. Single-cell RNA sequencing technologies and applications: A brief overview. Clin Transl Med. 2022 Mar;12(3):e694.
[2]Longo SK, Guo MG, Ji AL, Khavari PA. Integrating single-cell and spatialtranscriptomics to elucidate intercellular tissue dynamics [published onlineahead of print, 2021 Jun 18]. Nat Rev Genet. 2021;10.1038/s41576-021-00370-8.
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