2022-12-27
时光荏苒，岁月如歌。
时间仿若白驹过隙一般，不知不觉已来到了2022年的年末。
回首2022，我们经历了不同寻常的一年。这一年虽有几多坎坷和泥泞，但心中留存更多的却是收获与不舍。
说起收获，作为气派一家人最有话语权。今年派森诺合作发表的文章不管是数量还是质量都屡创新高，在各大期刊崭露头角。今天小派就从多组学入手，来为大家整理一些2022年经典高分多组学项目文章。动物、植物、真菌和细菌应有尽有，涵盖农学、医学各个方面，速速来学习一下吧。
PART 01 转录组+蛋白组
通过不同的转录组项目类型可以得到不同RNA种类表达谱的集合，但是转录水平的调控关系是否意味着蛋白水平也有类似的调控关系呢？答案是否定的，因为转录后调控、蛋白修饰等等原因的存在都会对蛋白的实际表达产生一定影响。所以我们需要将转录组和蛋白组结合来看，方能窥探到基因到RNA再到蛋白的整个真实调控网络。 大丽轮枝菌（Verticillium dahliae）是一种土壤传播的植物病原真菌，可导致许多作物萎蔫坏死，造成重大经济损失。当受到压力或没有合适的宿主时，这种真菌会产生黑色素化的微菌核，并在土壤中存活20年，直到条件适合感染，这对大丽轮枝菌的生存与繁殖至关重要。在不利的环境条件下，大丽轮枝菌的分泌蛋白VdASP F2的缺失会显著影响微菌核的形成。然而，VdASP F2在微菌核形成中的潜在机制尚不清楚。 发表期刊：Microbial Biotechnology 影响因子：6.575 【派森诺项目文章】转录组+蛋白组联合分析助力大丽轮枝菌微菌核形成的潜在机制 香菇(Lentinula edodes)具有很高的营养价值和经济价值，其产量占世界蘑菇产量的五分之一以上。香菇的生长过程是从菌丝结生长到菌丝形成棕色膜、原基和子实体发育。其中，棕褐色菌膜的形成，是香菇生长周期中一个独特的阶段。褐膜的厚度和深度影响着原基的发育和子实体的品质，因此，褐膜的质量决定着香菇能否成功栽培。 发表期刊：mSystems 影响因子：7.324 【派森诺项目文章】转录组+蛋白组联合分析，揭示堆肥木屑基质提高香菇品质的分子机制
PART 02 转录组+代谢组
代谢组是最下游的组学，也是和表型最紧密相关的组学。转录组和代谢组的联合分析，可以了解到基因表达差异和最下游组学之间的直接变化关系，据此还可和表型数据直接关联，阐述三者之间的调控机制。 细菌性阴道炎(Bacterial vaginosis, BV)是世界上比较常见的女性阴道感染疾病，发病率高达29%，防治该病的费用全球每年约50亿美元。其发病机制是阴道菌群失调，乳酸杆菌减少而导致其他病原体如加德纳菌(G. vaginalis)等的大量繁殖。临床常用治疗药物是口服或局部使用抗生素如甲硝唑，但是超过半数的患者都会在一年内再次复发。为了解决上述问题，急需开发不同于传统抗生素作用机制的抗菌药物。 期刊：Advanced Science 影响因子：17.521 【派森诺项目文章】转录组+代谢组联合分析揭示亚稳态硫化铁选择性杀菌机制 炎症性肠病(IBD)与结肠慢性炎症有关， IBD的发病机制复杂，与遗传易感性、微生物失调和环境因素有关。尽管其病因尚不清楚，但肠道屏障的破坏和持续的炎症已被证实是重要的原因。持续的炎症可通过脂质代谢失调而加重肠道损伤。然而，脂质代谢异常与炎症性肠病发病机制的相关性仍有待进一步研究。 期刊：Journal of Agricultural and Food Chemistry 影响因子：5.895 【派森诺项目文章】转录组+脂质组联合分析揭示茶氨酸在结肠炎中发挥的保护作用 土壤重金属污染已成为世界性的环境问题。在所有重金属中，Cd因其强溶解性、流动性和毒性被广泛研究。Cd 在植物组织中很容易被吸收、运输和积累。因其无法被生物降解，在植物中会长期存在。而且由于食物链污染，对人类和动物健康也会构成潜在威胁。因此，对重金属污染（尤其是Cd）土壤进行修复治理势在必行。 期刊：Journal of Hazardous Materials 影响因子：14.244 【派森诺项目文章】转录和代谢组联合揭示龙葵对Cd胁迫反应的解毒和耐受分子机制 草菇(Volvariella volvacea)又称兰花菇，味道鲜美，营养丰富，脂质含量低。低温贮藏是大多数食用菌保存和运输的常规方法。然而，在传统的保存温度(4℃)下，草菇会变软、液化，甚至腐烂，这种现象被称为“低温自溶”。因此，寻找一种更为安全的保存草菇的食品添加剂是十分必要的。 期刊：Postharvest Biology and Technology 影响因子：6.751 【派森诺项目文章】UMI绝对定量转录组+代谢组联合研究β-葡萄糖苷酶抑制剂在草菇贮藏中的应用前景 泰乐菌素(TYN)是一种常用的大环内酯类抗生素，可有效对抗革兰氏阳性菌，并可作为兽药用于预防肠道和呼吸道感染。TYN残留物可以通过在农田中施用粪肥和泻湖废水进入环境，已有研究表明，TYN对藻类的生长和发育产生不利影响。 期刊：Aquatic Toxicology 影响因子：5.202 【派森诺项目文章】转录组+代谢组助力大环内酯类抗生素对藻类抑制作用机制的研究
PART 03 转录组+代谢组+其他组学
随着科研水平的日益提高，单个组学的数据已经很难满足人们的需求，大家往往会选择将多个组学的数据整合到一起，通过基因水平、表观水平、蛋白水平、代谢水平以及微生态等各个方面来挖掘关键信息，各个组学之间还可以相互验证，达到一个完美的逻辑闭环。 药物滥用和过度饮酒都可引起肝损伤，并引发一系列病理生理过程，进而导致肝脂肪变性、肝炎和肝纤维化等。由肝损伤引起的肝病造成了巨大的经济负担，并引起广泛关注。然而，目前仍没有有效的治疗方法。 期刊：Frontiers in Pharmacology 影响因子：5.988 【派森诺项目文章】非靶代谢组+16S多样性组成谱+转录组联合分析灯盏花素对小鼠肝损伤的保护作用 线粒体质量控制(MQC)可防止线粒体内活性氧 (mtROS) 的积累，从而保护细胞免受 DNA 损伤、基因组不稳定和程序性细胞死亡。然而，其潜在的机制尚不完全清楚，尤其在真菌物种中。热激蛋白（HSF）是一个保守的核转录因子家族，通过直接结合伴侣基因中蛋白质启动子的热休克元件，成为UPRs的主要调节因子。在致病性真菌病原体新型隐球菌中HSF的相关研究较少。 期刊：Nature Communications 影响因子：17.694 【派森诺项目文章】转录组+代谢组+Chip-seq揭示隐球菌Hsf3通过调节呼吸过程控制线粒体内活性氧稳态
好了，以上就是小编为大家精选的多组学文章合集了，文章中的研究方法和写作思路都很经典，而且多组学文章也越来越成为一种新的趋势，希望上述文章能为大家的科研之路提供一些新的idea。 如有任何多组学相关的问题欢迎大家随时和我们联系，派森诺生物致力于提供优质、全面的多组学一站式精致服务体系！
