2023-01-18
一、图表说明
通过热图与柱状图组合的形式展示数据特征,从而更加直观反映样品/组内或组间的差异。热图可用于展示物种在样品中的丰度值、基因在样品中的表达量等数据,柱状图可用于展示物种对于分类器模型的重要性打分值、基因表达差异倍数等。
二、数据准备
2.1 数据文件 以物种在样品中的丰度为例,第一列为物种名,第二列至倒数第二例为物种在样品中丰度值经过取对数/标准化/无处理后得到的计算值,最后一列为物种对于分类器模型的重要性打分值。 2.2 分组文件(非必需) 第一列为样品名,必须和数据文件中第一行样本名一一对应,第二列为样品分组信息。分组文件为绘图的非必需文件,如果上传分组文件则在热图上方可选择是否显示分组方块。
三、图形解读
下面以物种丰度用随机森林算法分析结果为例,一起看看这款工具的实际应用: 热图:展示分类单元名在各样品/各分组中的丰度值(通常对丰度值按行取对数/标准化/不处理)。纵坐标为在门、纲、目、科、属或种水平的分类单元名,横坐标为样品名。 柱状图:展示物种对于分类器模型的重要性打分值。柱子越长表示物种对模型的重要性打分值越大,表明该物种对组间/组内物种鉴定的重要性越大,据此可认为这些重要性打分值较大的物种是组间差异的标志物种。
四、图表设置
4.1 图表颜色 可自定义设置热图图表颜色,分组颜色(上传分组文件时可调整),以及柱形图的颜色。颜色组合丰富,任您搭配使用。 4.2 显示分组 当绘图上传了分组文件时,可选择是否在热图上方显示表示样品分组信息的方块。如果没有上传分组文件,图表设置中不显示该调整项。 4.3 调整热图宽高 该工具还支持热图单元格的宽度和高度调整,可以根据不同电脑屏幕分辨率大小,灵活调整图表至最佳展示效果。