2023-03-01
曼哈顿图，图形外观形似摩天大楼，其本质就是一张散点图，用于展示大量非零的波动数据并突出具有强相关性的位点。通常用于全基因组关联研究（GWAS），以显示重要的SNP。
一、 图表解读 图表类型可切换为普通曼哈顿图、环形曼哈顿图和SNP密度图。以全基因组关联分析（GWAS）为例： 1.1 普通曼哈顿图图解 散点图：展示SNP与表型关联的显著程度。 阈值线：一般表示显著性水平阈值，通常认为在阈值线上方的点为显著点。 横坐标：展示SNP所在染色体。 纵坐标：展示SNP与表型关联的显著性P值。 热图：展示一定窗口内SNP个数。 以下图为例子：颜色越接近蓝色，表示在该窗口内SNP越多，反之越少。 1.2 环形曼哈顿图图解 图表含义与普通曼哈顿图一致，图形按环形展示。（普通曼哈顿图和环形曼哈顿图，都可以设置是否显示染色体密度图） 1.3 SNP密度图图解 横坐标：为每条染色体上的碱基位置。 纵坐标：为染色体编号，颜色的变化代表在一定窗口内SNP的个数。 以下图为例子：颜色越接近绿色表示在该窗口内SNP越多，反之越少。
二、 参数调整 2.1 阈值线 可自定义输入某一阈值（建议不超过Y轴最大值），添加为阈值线，阈值线最多可添加5条。 2.2 显著点 可选择在阈值线上方的散点是否要突出显示。当显著点需要突出显示时，可调整显著点形状、大小与颜色。 2.3 高亮点 提供3种添加高亮散点的方式。 手动添加适合单个高亮点、选择粘贴和上传文件适合多个高亮点的添加。下图为手动添加高亮点为例：
