2023-03-27
群体进化简介
群体进化研究是基于全基因组重测序或简化基因组测序技术获得物种自然群体各亚群的基因组信息，得到大量的SNP、InDel、SV和CNV等变异信息，讨论群体的遗传结构、驯化机制、种群历史以及群体进化动态等生物学问题。探究群体进化可以为动植物遗传育种和濒临灭绝的动植物保护等提供理论依据，同时也可以为地球地质、生态、气候、历史人类活动变化的研究提供生物学佐证。 升级版分析流程图 升级亮点一 6项高级分析升级为标准分析，深入挖掘群体遗传多样性信息 小派结合多年群体进化项目分析经验，对群体进化产品进行了全新的升级。标准分析新增加：全基因组关系矩阵计算、状态同源IBS矩阵计算、基因流分析、连锁不平衡分析、Tajima's D 分析、选择性清除分析，多维度揭示群体内与群体间进化关系充实文章内容。 序号 分析项目 应用 1 全基因组关系矩阵Gmatrix 个体间亲缘关系 2 状态同源IBS矩阵 估计个体间共享染色体片段的百分比 3 基因流分析 群体间基因交流向 4 连锁不平衡分析 基因连锁程度 5 Tajima's D 分析（需要参考基因组） 检测中性进化及受选择程度 6 选择性清除分析（需要参考基因组） 筛选受选择的位点与基因 标准分析部分结果展示： 【图】系统进化树 【图】PCA主成分 【图】群体结构 【图】G值矩阵热图 【图】IBS 距离矩阵热图 【图】基因交流树状图 【图】LD分布图 【图】选择性清除散点图 【图】基因KEGG富集 【图】Tajima's D值在染色体上的分布图 升级亮点二 选择性清除分析不限组数免费分析 小派大放送选择性清除不限组数，满足老师一个项目内多组进行选择消除分析的需求。无论您的栽培或驯化的物种有多少个亚群，都可以与野生祖先进行选择性清除分析，得到受选择的区域并进行GO、KEGG富集分析。 选择消除分析可以做什么？ 挖掘人工驯化过程中受选择的基因。 挖掘物种适应性进化中受选择的基因。 升级亮点三 高级分析满足您的个性化需求，提高文章档次 小派结合市场需求推出4种个性化分析项目，为文章发表提供更多的亮点！ROH分析，通过ROH的长度和频率可以反映群体历史；分歧时间估算，推断物种系统发育关系以及分歧时间对探讨物种起源与演化具有重要意义；种群历史推断，通过高深度重测序解析种群瓶颈、扩张、迁移、混合等事件；群体特异SNP、InDel分析，通过开发分子标记区分不同亚群，也可以绘制指纹图谱申请专利哟~ 序号 分析项目 应用 1 连续纯合片段ROH分析（需要参考基因组） 计算近交系数 2 分歧进化时间估算 1）推断物种系统发育关系；2）分歧时间对探讨物种起源与演化 3 种群历史推断（需要参考基因组） 解析种群瓶颈、扩张、迁移、混合等事件 4 群体特异SNP、InDel分析 1）分子标记区分不同亚群；2）绘制指纹图谱申请专利 高级分析部分结果展示： 【图】基于ROH的基因组近交系数的分布图 【图】分歧进化时间进化树 【图】有效种群大小 群体进化测序策略 选样策略 测序策略 推荐深度 适用范围 亚群划分明显的自然群体 每个亚群样品数≥10；亚群数≥3。 重测序 ≥5X/样本 有参考基因组 简化测序 基因组≤1G，测1G/样；基因组1G~5G，测2G/样；基因组5G~20G，测5G/样； 无参或参考基因组较大 注：本次产品升级只针对于有参群体进化进行升级，无参也可以做群体进化分析，但部分分析项限有参无法分析。 派森诺群体进化项目文章 年份 文章题目 期刊 研究内容 2022 Molecular and morphological analyses clarify species delimitation in section Costatae and reveal Betula buggsii sp. nov. (sect. Costatae, Betulaceae) in China Annals of Botany 群体进化助力桦木属硕桦组物种鉴定与划分 2022 Asian Swamp eel Monopterus albus Population Structure and Genetic Diversity in China Frontiers in Genetics 中国黄鳝的群体结构和遗传分化研究 2022 Polygenic adaptation contributes to the invasive success of the Colorado potato beetle Molecular Ecology 科罗拉多马铃薯甲虫的多基因适应机制研究 2022 Population Genetic Structure and Biodiversity Conservation of a Relict and Medicinal Subshrub Capparis spinosa in Arid Central Asia Diversity 中亚干旱地区残留药用亚灌木刺山柑群体遗传结构及生物多样性保护 2022 ddRAD-Seq reveals evolutionary insights into population differentiation and the cryptic phylogeography of Hyporhamphus intermedius in China Ecology and Evolution 揭示中国间下鱵种群的进化历史 2022 Ancient Mitogenomes Suggest Stable Mitochondrial Clades of the Siberian Roe Deer Genes 线粒体基因组研究揭示西伯利亚狍的群体进化历史 2022 First description of the mitogenome and phylogeny: Aedes vexansand Ochlerotatus caspius of the Tribe Aedini (Diptera: Culicidae) Infection, Genetics and Evolution 线粒体基因组测序助力伊蚊族系统发育研究新进展 2022 The First Mitochondrial Genomes of the Family Haplodiplatyidae (Insecta: Dermaptera) Reveal Intraspecific Variation and Extensive Gene Rearrangement Biology 蠼螋的线粒体基因组变异、常见的线粒体基因组结构特征及系统发育关系 如需进行群体进化测序、分析，欢迎发邮件或者致电我们哟（邮箱地址：genome_support@personalbio.cn，联系电话：021-80118168-6611）！
