2023-04-20
福尔马林固定、石蜡包埋(Formalin-Fixed and Parrffin-Embedded，FFPE) 组织是生物学尤其是医学领域常见的组织保存形式，但是这一保存方式存在着DNA/RNA 降解的情况，导致FFPE样本的检测手段非常受限。Visium FFPE 空间基因表达分析作为一种突破性的解决方案，将组织学技术的优势与RNA测序的高通量和发现能力融入FFPE组织样本中，可对病理学家主导的传统分析进行补充。它能够以高分辨率对整张组织切片进行分析，从空间上分析人和小鼠FFPE样本中超过18,000个基因的RNA表达。前面小派已介绍【FFPE样本也想做空间转录组？安排！】，10x Genomics 公司再一次对技术进行了革新，CytAssist 空间转录组平台应运而生。它不但可以解决传统 Visium 产品中 FFPE 样本在应用中的难点，而且拥有更好的数据产出。
Visium CytAssist 是一款轻便小巧且易于携带的台式仪器，和全新升级试剂v2.0搭配，它可以将普通玻片上FFPE组织切片的转录组信息转移到10x Visium基因表达捕获玻片上，从而实现整合组织学信息与转录组信息的目的。目前CytAssist同时兼容H&E染色和免疫荧光染色（IF）的FFPE样本。 CytAssist便携式仪器（来自10x官方资料） 技术原理 首先，对普通玻片上面的FFPE组织切片进行脱蜡、成像、解交联和探针杂交，在探针杂交后，将两张标准载玻片和一张含两个捕获区域（6.5 mm x 6.5 mm 或者 11 mm x 11 mm）的Visium玻片放入CytAssist仪器中，使普通玻片上的组织切片与2个Visium捕获区域对齐后通过CytAssist仪器捕捉明场图像。接下来，通过运行CytAssist将普通玻片上的转录组信息（选定目标区域的探针）原位转移到基因表达芯片的捕获区域。在捕获区域中，通过带有不同位置标签的探针获取所研究区域的转录组信息（探针释放和捕获），从而获取样本切片不同空间位置的转录本的表达水平。最后，把基因表达芯片从仪器中取出，进行后续探针延伸及文库构建。 基于CytAssist的FFPE空间转录组解决方案工作流程（来自10x官方资料） 技术优势 兼容的样本类型更加丰富 适用于新鲜样本、普通石蜡块组织、存档的玻片样本、已经通过H&E染色或者免疫荧光染色贴在普通玻片上的样本等。通过 Visium CytAssist 系统将分析物转移到 Visium 建库芯片上，进一步扩展了样本类型。 基因检测灵敏度和特异性更高 采用了新的探针设计，对于约90%的基因设计了三对探针对，对于一些高表达的基因设计了一对探针，具有高灵敏度和高特异性。较高的基因捕获数可以使得注释的细胞种类和基因种类更多。 样本质控要求降低 质检标准降低为 DV200>30%（DV200表示大于200个核苷酸的RNA片段占所有 RNA片段的百分比），可检测更多高降解度的样本。升级后的玻片对组织的粘附性更高，不用再做预测试即可开展正式实验。但是，对于一些特殊样本，比如含有骨组织的样本，即使贴片使用的是10x官方推荐的品牌，也难免会出现在转片前的实验过程中出现脱片的可能。 芯片配置更灵活 兼具 6.5 mm*6.5 mm 和 11 mm*11mm 两种规格，方便研究者根据组织块大小灵活选择感兴趣的病理区域，适用于更多组织类型。 凑片更自由 一张芯片从四个点阵减少至两个点阵，不再担心凑样难的问题。助力实验快速高效进行。 数据展示 对于人类卵巢癌10×官方测试数据展示，使用CytAssist的组织测序数据的利用率更高，获得更多的差异表达基因数量，从而获取更多有意义的信息。 10×官方人卵巢癌测试数据（来自10x官方资料） 送样要求 ✓石蜡包埋样本厚度需>3 mm，客户按照自己所需的方位要求，自行包埋并做好标记。 ✓贴好的白片、做过 H&E 染色的切片厚度均4-5um ，需准备20-30张贴片;若样本微小或其他特殊样本，请提前与实验室沟通，确定方案。 ✓石蜡包埋/切片样本，均需避光常温运输。如遇天气炎热，可放 2-4 个冰袋。对于特殊样本或者客户首次寄送样本的情况，请提前与实验室技术人员沟通，确保项目顺利进行。
