2023-05-25
差异基因（differential gene），是指一个基因在RNA水平处在不同环境压力、时间、空间等方面下，表达有显著性差异的基因。单细胞转录组数据中，cluster间差异基因分析和组间差异基因分析也是下游分析中必不可少的。那我们如何通过好看的图表来可视化咱们单细胞数据中的差异基因呢，请看以下介绍：
一、差异基因火山图
图表解读：展示指定细胞类型组间对比的差异基因 横坐标：展示差异基因组间表达水平Log2倍数 纵坐标：展示差异基因组间差异显著程度-Log10 P value 图表说明：Log2 fold change 阈值线和-Log10P阈值线条。在Log2 fold change 阈值线区间内的基因差异倍数低；在-Log10P阈值线之下的基因差异不显著；Log2 fold change 阈值线区间内和且-Log10P在阈值线之下的基因差异倍数低且差异不显著(n.s)；Log2 fold change 阈值线区间外和且-Log10P在阈值线之上的基因差异倍数高且P value 显著(p-value and Log2FC)。 适用场景：有分组数据即可
二、差异基因热图
图表解读：展示不同细胞类型上下调基因分布和多组对比 横坐标：差异基因 纵坐标：对比组和细胞类型 图表说明：图标分左右两部分，左边为在三组中基因表达模式发生显著变化的基因,如O-AL/Y-AL组比较为上调或者下调，但O-CR/O-AL组比较为下调/或者上调(称为rescue差异基因)；右边为每个细胞类型各组间比较的unique基因。 适用场景：数据分组数量高于2
三、差异基因柱状图
图表解读：展示不同细胞类型组间对比上下调基因Log2FC分布和数量 横坐标：细胞类型 纵坐标：Log2 fold change 和基因数目 图表说明：图分上下两部分，下部分展示每个细胞类型组间对比的差异基因Log2 fold change分布，上部分展示每个细胞类型组间对比差异基因(区分上下调)的数目。 适用场景：有分组信息即可
四、差异基因曼哈顿图
图表解读：展示不同细胞类型组间对比上下调基因Log2FC分布和top5基因 横坐标：细胞类型 纵坐标：基因的Log2 fold change 图表说明：图分上下两部分，下部分展示每个细胞类型组间对比上调差异基因Log2 fold change分布和top5差异基因名称，上部分展示每个细胞类型组间对比下调的差异基因Log2 fold change分布和top5差异基因名称。 适用场景：有分组信息即可
