2023-06-12
一、GWAS基本概念
GWAS（Genome-wide Association Studies）是研究动植物复杂性状的重要手段。对于自然群体具有丰富遗传多样性的每个个体进行全基因组重测序，检测分布于全基因组范围的SNP标记，基于连锁不平衡关系，结合不同性状的表型数据，进行分子标记与表型性状的关联分析，可以快速鉴定与目标表型性状变异关联的遗传标记或者候选基因。
（二）
准备样本表型数据
200个个体以上
DNA提取上机测序
测序深度5~10X/样本
测序样本与参考基因组比对
进行基因型检测
基因型和表型关联
GWAS定位分析
查找候选基因
三、GWAS适用范围
1.GWAS适用于自然群体和遗传群体；
自然群体：自然群体一般是由一些核心种质、自交系、品种、地方品系或者野生近缘种材料组成，这些材料具之间在目标性状上具有很强的多态性，但在其它性状上应尽量保持随机变异。
遗传群体：暂时性分离群体：如F1、F2、BC1等，这类群体可以在短期内构建，其分离单位是个体，不稳定，一经自交或近交其遗传组成就会发生变化，无法永久使用。
永久性分离群体：如RIL、DH群体等，这类群体构建费时费力，其分离单位是株系，不同株系之间存在基因型的差异，而株系内个体间的基因型是相同且纯合的，是自交不分离的。这类群体可通过自交或近交繁殖后代，而不会改变群体的遗传组成，可以永久使用。
2.质量性状、数量性状和分级性状；
四、派森诺GWAS分析优势
1.标准分析多维度挖掘群体遗传多样性信息，丰富文章内容
注：A为标准分析。
2.标准分析中GWAS定位与LD-Blook图绘制均不限性状个数
【图】曼哈顿图
【图】QQ-plot图
【图】LD-Blook图
五、近三年GWAS高分文章列表
GWAS是解析动植物复杂数量性状的重要手段之一，目前广泛用于植物、动物、模式物种和人类。GWAS具有更高的分辨率、研究材料来源广泛，可捕获的变异丰富，无需构建遗传群体节省时间等优点，近年来发文数量逐年增长。随着派森诺GWAS产品不断优化升级，让您的每一个项目都有更好的体验。
