2017-05-24
转录组测序真是个好方法，实验有困难？ seq一下！什么？别人都做了？发文章越来越难？跟不上节奏？放心，老司机给你准备了新大招，互作转录组测序！互作转录组测序（Dual RNA-seq）是2012年新兴的技术，是通过RNA-seq反映两个生物间的互作关系，是继单物种转录组后RNA家族的一颗极具发展潜力的正在升起的新星，也是RNA领域最新的研究热点。互作转录组测序在抗病或致病机理研究、新药开发、农业病害研究和防治、物种进化和生理适应等领域具有广泛的应用前景。这么好的技术，怎么用呢？来个最新案例：
2017年1月，来自德国赫尔姆霍兹感染研究中心的Petra Dersch教授建立了基于组织互作转录组（Tissue Dual RNA-seq）的分析方法，并成功的应用在假结核耶尔森菌侵染肠淋巴细胞的研究中，结果发表在PNAS上。致病菌在侵染宿主的过程中需要快速调整其毒力和定植基因来应对宿主的免疫系统，宿主也会根据致病菌的侵染来激活免疫系统，这个侵染与被侵染的过程是一个互动的过程，而基因表达的变化是这个互动过程的直接体现。研究者使用假结核耶尔森菌侵染小鼠肠道，分析了侵染过程中小鼠肠淋巴细胞和假结核耶尔森菌基因表达的变化。结果发现，免疫系统的应答主要是中性粒细胞的离子渗入和TH17/TH1激活，假结核耶尔森菌在侵染的过程中上调了III型分泌系统，并激活了应对中性粒细胞介导的离子缺失、自由基压力和营养限制的基因，对菌体毒力影响最大的是碳源储存调节系统，这个系统是III型分泌系统上调必需的。
与之前的研究报道中的模型或不同侵染时间点取样不同，这一研究从真实的侵染过程入手，不仅揭示了假结核耶尔森菌侵染肠淋巴细胞的动态过程，还部分解析了侵染的机理以及侵染过程中假结核耶尔森菌与肠淋巴细胞的基因表达互动，为假结核耶尔森菌感染的预防和治疗提供理论支持。
与传统的分子检测方法或纯培养转录组测序相比，互作转录组测序真正的做到了原位分析，排除了人为因素的干扰，还原了现象的本质，而且在分析的过程中将2种生物结合起来，更直接的展示互作关系及互作机理。目前互作转录组测序的研究主要集中在病菌侵染方面，但互作转录组测序应用范围远不止这些，随着RNA-seq技术的改进和分析手段的发展，以及更多基因组信息被公布，互作转录组测序将大有可为。方法已成熟，你还在等什么？赶紧上车，别让到手的PNCS跑了。
派森诺已做好了互作转录组测序的所有准备，赶紧来咨询吧。
原始文献：
Nuss A M, Beckstette M, Pimenova M, et al. Tissue dual RNA-seq allows fast discovery of infection-specific functions and riboregulators shaping host–pathogen transcriptomes[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2017: 201613405.
相关文献：
1. Westermann A J, Barquist L, Vogel J. Resolving host–pathogen interactions by dual RNA-seq[J]. PLoS pathogens, 2017, 13(2): e1006033.
2. Burgess D J. Gene expression: Host-pathogen duels revealed by dual RNA-seq in vivo[J]. Nature Reviews Genetics, 2017, 18(3): 143-143.
3. Damron F H, Oglesby-Sherrouse A G, Wilks A, et al. Dual-seq transcriptomics reveals the battle for iron during Pseudomonas aeruginosa acute murine pneumonia[J]. Scientific Reports, 2016, 6.
4. Westermann A J, Förstner K U, Amman F, et al. Dual RNA-seq unveils noncoding RNA functions in host–pathogen interactions[J]. Nature, 2016, 529(7587): 496-501.
5. Aprianto R, Slager J, Holsappel S, et al. Time-resolved dual RNA-Seq reveals extensive rewiring of lung epithelial and pneumococcal transcriptomes during early infection[J]. Genome Biology, 2016, 17(1): 198.
6. Nuss A M, Heroven A K, Waldmann B, et al. Transcriptomic profiling of Yersinia pseudotuberculosis reveals reprogramming of the Crp regulon by temperature and uncovers Crp as a master regulator of small RNAs[J]. PLoS Genet, 2015, 11(3): e1005087.
