2024-01-12
Xenium是10x Genomics公司最新推出的组织空间原位分析仪，该仪器可以在不损伤组织切片的情况下检测大量目标基因的组织原位表达水平并对数据进行可视化，且兼容目前已有的多种分析流程，可以满足用不同靶标组合进行定量分析和灵活展示的科研需求。
为什么要用Xenium？
单细胞转录组
可以获得组织中包含的细胞类型和表达谱情况，解决了细胞异质性问题
但无法得知细胞的空间表达信息
空间转录组（Visium/Cytassist）
可以得知切片上不同spot点对应的细胞类型和表达情况
但分辨率低，始终是基于点阵水平而不是细胞水平
Xenium空间原位分析
通过靶向探针与强大的光学元件、数据采集和精确解码技术相结合，能够以亚细胞分辨率在整张切片上快速检测大量靶点的组织原位表达水平
既有商业化pannel也支持定制化panel，满足各种科研需求
Xenium原理介绍
样本制备
将FF或FFPE组织切片置于Xenium载玻片上，对切片进行处理：FF样本进行固定和透化、FFPE样本进行脱蜡和解交联；
探针杂交、连接与扩增
利用可环化的DNA探针与切片中互补的靶RNA杂交。过量的，未结合的探针在杂交后的清洗步骤中被冲走；
在去除未结合的探针后，添加一个连接酶将探针进行连接，并进行滚环式扩增；
进行自身荧光淬灭和DAPI染色；
Xenium上机和解码分析
组织原位的特异性扩增产物经过多轮荧光探针杂交，成像和探针去除，形成原位荧光信号序列，仪器解码这个荧光序列即可获得该位置所属基因。
Xenium 平台优势
■ 分辨率达到真正的亚细胞水平，保留RNA分子的原位特征；
■ 超大成像区域（10.45mm x 22.45 mm），支持多样本拼片，且每次可同时上机两张玻片；
■ 可兼容新鲜冷冻样本（FF）和石蜡包埋组织（FFPE），满足不同科研需求；
■ 样本几乎无损，Xenium分析后的切片可支持继续做HE、IF和Cytassist 分析；
■ 提供定制panel，既可在商业化panel（包含6个人类和2个小鼠panel）上添加多达100个性化定制靶点，也支持为哺乳动物及其他大多数带有完整转录组注释的物种设计独立的定制基因组合，最多包含480个基因；
■ 数据可视化快捷方便，同时也兼容其他算法包。
