2024-01-22
空间转录组测序通过将组织切片的高通量转录组分析和形态学背景结合，让科研工作者更好的了解发育和疾病过程中细胞与细胞的相互作用关系。利用10x Genomics空间转录组技术已发表的文献已有400+，但基于55µm spot检测的分辨率无法达到单个细胞的水平。2024年伊始，小派给科研工作者献上了一份新年大礼——单细胞分辨率的空间转录组Visium HD。下面来跟小派一起详细了解下10x Genomics Visium HD~
Visium HD原理——“小方格，大力量” Visium HD空间基因表达玻片包含两个6.5mm×6.5mm的捕获区域，每个捕获区域内包含数百万个2 x 2 µm带有空间位置标签的小方格，小方格连续排列“无间隙”，实现了单个细胞的分辨率。 图1 Visium HD 空间基因表达玻片示意图
Visium HD流程——“老友相助，数据无忧” Visium HD采用探针捕获方式，基于CytAssist 仪器转片，适用于人、小鼠的FFPE（福尔马林固定石蜡包埋组织）样本。CytAssist平台避免了手动贴片带来的脱片等问题，此外CytAssist更不需要进行预透化实验，整个实验流程更加简洁高效，且CytAssist平台能够实现精准的转录本定位，产出数据质量更优秀。结合Visium HD单细胞分辨率，可谓是“强强联合”。 具体工作流程如下： 图2 基于CytAssist的实验流程图
Visium HD优势——“只有想不到，没有做不到” ■ 单细胞分辨率+连续的组织覆盖，更加还原组织的空间结构信息 图3 Visium和Visium HD对比 ■ 微米级高质量空间数据，解析空间原位全转录组精细图谱 在人类前列腺癌FFPE样本示例结果中，共检测到18069个基因，通过Visium HD可以清晰的观察的前列腺癌组织精细的组织结构，与HE染色结果相匹配。 图4 人前列腺癌Visium HD数据展示 在人乳腺原位导管癌FFPE样本示例结果中，Visium HD 确定了不同细胞的不同空间定位，并通过平滑肌细胞标志物MYH11和PLN正确定位了H&E图像中的血管以及沿血管排列的平滑肌细胞，以其高分辨率为微小组织结构生物学特征研究提供了很好的条件。 图5 人乳腺原位导管癌Visium HD数据展示 ■ 易于使用的可视化工具 Visium HD的数据分析和Visium平台一样，可利用Space Ranger自动将空间基因表达信息叠加在组织图像上，并识别具有相似转录特征的条形码标记的方块簇。然后，利用Loupe Browser（可视化软件）进行交互式分析。数据同时也兼容其他算法包。 图6 Loupe Browser分析界面展示 ■ 已完成多种FFPE样本的测试 图7 官方测试的样本类型 最后小派给大家整理了关于Visium和Visium HD的对比，详细指标如下表： 空间产品 Visium Visium HD 分辨率 55 µm 2 µm mRNA捕获原理 poly A捕获 探针捕获 探针捕获 物种 不限 人、小鼠 人、小鼠 样本类型 FF（新鲜冰冻组织） FF、FFPE FFPE 捕获区域大小 6.5mm×6.5mm 6.5mm×6.5mm 6.5mm×6.5mm /11mm×11mm 芯片规格 4个捕获区域/芯片 2个捕获区域/芯片 2个捕获区域/芯片 转片 无需转片 CytAssist转片 CytAssist转片 是否透化 是 否 否
