2024-02-29
细胞外囊泡（extracellular vesicles, EVs）是由细胞分泌的具有脂质双分子层结构的囊泡，携带DNA、RNA、蛋白质和脂质等生物活性分子，是细胞间通讯、疾病诊断和预后循环生物标志物的重要载体。其分为外泌体（Exosome)、核外颗粒体（Ectosome）和凋亡小体（Apoptotic bodies）3种亚型，其中外泌体是几乎所有细胞均可释放的、直径约30-150 nm的细胞外囊泡（Extracellular vesicle, EV），由细胞内多泡体（multivesicular body，MVB）与细胞膜融合后，释放到细胞外基质中。不同来源的细胞生成外泌体的速率、大小、组分均有异质性。近年来，多项研究证实RNA是EVs参与调控多种生理和病理过程的关键功能分子，在作为生物标志物方面也有着巨大的临床应用潜力。传统的检测EV组成的方法，如免疫印记（Western Blotting）、聚合酶链式反应（PCR）和RNA-seq，通常将大量EVs作为一个整体进行分析，单个EV的分子组成、单个EV在群体中的异质性信息会被掩盖。因此，在单个EV水平上研究其组成异质性具有重要意义。故派森诺生物基于10x Genomics平台研发出一种全新的单外泌体转录组测序产品，可在单EV水平探究EVs转录组特征及其异质性。
下面请随小派一起看看单外泌体转录组技术实验与分析方案吧~
单外泌体转录组测序实验方案 单外泌体转录组测序，即在制备质控合格的单外泌体悬液后，依托10x Genomics平台形成油包水结构，构建文库进行高通量测序的技术。实验流程如下： ※ 收集后的外泌体的质控要求 1、电镜检测要求 视野中多数为外泌体颗粒（视野内外泌体占比80～90%） 2、粒径及浓度要求 浓度：≥1x10^9个/ml，粒径主要集中在30～150nm 参考如下： 3、外泌体核酸提取质检要求 无细胞转录组污染，主峰在25～200nt之间，18S/28S/16S不起峰，2100检测浓度≥0.5ng/ul 参考如下： ※ 送样要求 ▶富集好的外泌体 体积≥200ul；浓度：≥1x10^9个/ml 寄送条件：干冰寄送。 ▶原样寄送要求 血清/血浆建议送样量≥5 mL；细胞上清建议送样量≥50 mL；尿液建议送样量≥100mL；其他样本类型送样建议可具体咨询。 寄送条件：干冰寄送。
单外泌体转录组测序分析方案 依据外泌体大小远远小于细胞且内部RNA含量较低的自身特点，10x Genomics平台上的Cell Ranger的call cell算法无法从背景中区分EV，分析方案采用了自适应阈值的CB2算法，有效区分了真实EVs和背景EVs，具体分析流程如下： 部分分析结果展示
派森诺生物提供全套的单外泌体转录组学实验与分析方案，开启了外泌体研究领域的新方向，助力国自然冲刺！
