2017-03-29
红鳍东方鲀（Takifugu rubripes）为重要的海水养殖经济鱼类，肉质细嫩、味道鲜美，蛋白质含量高，营养含量丰富，有＂鱼类之王＂之称。地理位置多分布于黄海、渤海和日本海域。是一种可以进行养殖的鲀科鱼类中的优良品种。红鳍东方鲀为研究鱼类受精、性别决定、性发育的模式生物。关于红鳍东方鲀性腺分子机制的报道较少，尚未通过组学的手段对性腺的分子机制进行研究。
今年2月，大连海洋大学仇雪梅教授课题组在Comparative Biochemistry and Physiology, Part D杂志发表一篇题为Comparative RNA-Seq analysis of differentially expressed genes in the testis and ovary of Takifugu rubripes的文章，通过转录组学的方法，探讨性腺发育的分子机制。
1. 研究目的
本文分别对红鳍东方鲀的精巢和卵巢开展转录组学研究，探讨红鳍东方鲀精巢和卵巢的RNA层面的差异，并关注差异表达基因的分子功能。本研究也为红鳍东方鲀的基因组学数据库提供了宝贵的资源。
2. 研究方法
分别收集红鳍东方鲀精巢和卵巢做为供试样本，各为一组，采用Illumina Nextseq500测序平台。对经过质量控制的数据首先基因功能注释，并进行差异表达富集分析，荧光定量PCR验证及cSNP分析。
3. 分析结果
本研究共有18,523个基因被注释，精巢和卵巢两组相比，共有680个差异表达基因。在精巢中，发现556个基因表达量出现显著上调；在卵巢中，发现124个基因表达量出现显著上调。GO和KEGG代谢通路分析证实这些差异基因所翻译的蛋白参与信号转导和性腺发育。转录组测序的基因变化与qPCR的基因变化关系基本一致。在精巢中，作者发现23,879个cSNP位点，卵巢中有55,675个。
该研究转录组测序及信息分析工作由上海派森诺生物科技股份有限公司完成。
