2016-02-15
简介
中华绒螯蟹（Eriocheir sinensis ）是一种经济蟹类，又称河蟹、毛蟹、清水蟹、大闸蟹。中华绒螯蟹在幼蟹时期，存在一个明显的形态学变化的过程，即从第五幼体（Z5）发育为大眼幼体（M），该过程有较高的死亡率。中华绒螯蟹转录组测序是怎样的呢？中国科学院海洋研究所刘媛教授和她的团队用这两个时期的中华绒鳌蟹幼体为实验样品，通过转录组测序探究这个过程中基因表达差异变化。
测序分析结果共发现652个差异表达基因（DEGs），这些差异基因富集的代谢通路主要分布在外源性物质生物降解和代谢（8.16%）、辅酶因子和维生素代谢（6.7%）、酯类代谢（6.36%）和氨基酸代谢（6.28%）。其中，有19个差异基因与幼蟹的形态特征和感观变化有关；62个差异基因与碳水化合物、酯类和蛋白质消化和代谢有关。在这些差异基因中，与物质代谢有关的基因表达在Z5样品中是上调的，推测从第五幼体到大眼幼体时期需要释放大量的能量，实时定量PCR进一步验证了这个结果。
该研究成果Comparative transcriptomic analysis provides insights into the molecular basis of the metamorphosis and nutrition metabolism change from zoeae to megalopae in Eriocheir sinensis于近日发表在Comparative Biochemistry and Physiology, Part D（影响因子2.055）杂志上。
中华绒鳌蟹的转录组测序及信息分析工作，由上海派森诺生物科技股份有限公司完成，这也是派森诺生物继两篇中华绒鳌蟹转录组测序后的第三篇中华绒鳌蟹转录组测序文章。
方法
取不同生长阶段的中华绒鳌蟹幼体Z5和M进行转录组测序
样本量
2个样本
测序平台
Illumina HiSeq 2000平台
分析内容
1. 基因表达差异分析
2. 聚类分析
3. eggNOG注释
4. KEGG注释
5. qPCR验证
结果展示
图1 中华绒螯蟹转录组测序eggNOG基因功能注释
图2 KEGG基因功能注释
图3 GO中华绒螯蟹转录组测序基因功能注释析
图4 中华绒螯蟹转录组测序基因表达差异分析
图5 qPCR验证
参考文献
Li Y, Min H, Cui Z, et al. Comparative transcriptomic analysis provides insights into the molecular basis of the metamorphosis and nutrition metabolism change from zoeae to megalopae in Eriocheir sinensis [J]. Comparative Biochemistry & Physiology Part D Genomics & Proteomics, 2015, 13(13C):1-9. doi:10.1016/j.cbd.2014.10.002
本文由RNA-Seq技术支持马培培整理
