2016-01-29
简介:
中华绒螯蟹（Eriocheir sinensis）是一种经济蟹类，又称河蟹、毛蟹、清水蟹、大闸蟹，为中国久负盛名的美食。中国境内广泛分布于南北沿海各地湖泊，蟹中含有较多的维生素A，对皮肤的角化有帮助；对儿童的佝偻病，老年人的骨质疏松也能起到补充钙质的作用。中华绒螯蟹中性别偏好基因在雌雄个体中基因表达存在差异，为了探索蟹的性别偏向型基因表达，对雌雄个体的中华绒螯蟹进行转录组测序，探究性别偏好基因的表达差异，探讨两性异形的分子机制。
以中华绒螯蟹为例的海洋生物转录组测序的情况是怎么样的呢？中科院海洋研究所的刘媛教授和她的团队对雌雄中华绒螯蟹的样本进行转录组测序，结果共验证148个性别相关基因，检测到29个性别决定通路；不同性别的差异表达基因与新陈代谢和免疫相关；并证实某些性别相关基因在雌雄个体中表达存在显著差异，大多数差异基因参与新陈代谢和免疫等过程，而不是明显与性功能相关。
免疫通路的差异基因中，雌性个体中18个上调基因由体液免疫因素引起，雄性个体中8个上调的差异基因是在模式识别受体上，这表明免疫防御的性别差异可能存在于中华绒蝥蟹中，本研究将为进一步研究中华绒螯蟹的雌雄异型提供分子机制。该研究成果Comparative Transcriptome Analysis Reveals Sex-Biased Gene Expression in Juvenile Chinese Mitten Crab Eriocheir sinensis于近日发表在PLoS ONE（影响因子3.234）杂志上。
中华绒螯蟹的转录组测序及信息分析工作，由上海派森诺生物科技股份有限公司完成，这也是我公司完成的第二篇中华绒螯蟹文章。
方法：
雌雄中华绒螯蟹个体
样本量：
2个样本
测序平台:
Proton平台
分析内容:
1、 SNP分析
2、 GO注释
3、 特定代谢通路分析
4、 qPCR验证
结果:
共验证148个性别相关基因，检测到29个性别决定通路；不同性别的差异表达基因与新陈代谢和免疫相关；并证实某些性别相关基因在雌雄个体中表达存在显著差异。
部分结果展示:
图1 SNP位点分析
图2 溶酶体代谢通路基因表达差异分析
析
图3差异表达基因GO注释
参考文献
