2017-12-15
继最近与南京农业大学合作，在《The ISME Journal》（影响因子：9.664）上发表土壤原生生物群落的新研究成果之后 ，派森诺生物再接再厉，与江苏大学合作，在开放获取期刊《Microbiome》（影响因子：8.496）发表论文，通过宏病毒组测序研究，揭示了大熊猫携带的新型病毒种群及其对疾病感染防治的重要意义。
研究背景
大熊猫是我国“国宝”，也是食草动物中特别的一员。作为濒危动物，大熊猫在野外的生存状态受到低繁殖率等诸多因素的影响。其中，病毒感染就是危及大熊猫健康的潜在因素之一，但我们对共生于大熊猫的“病毒世界”仍知之甚少。
研究目的
通过对一头死于未知疾病的野生大熊猫进行病毒宏基因组测序分析，试图揭示大熊猫所携带的病毒种群，及其与健康大熊猫之间的异同。
研究方法
测序技术：Illumina MiSeq高通量测序平台
病毒富集方法：0.45 mm滤膜过滤+QiaAmp Mini Viral RNA kit（Qiagen）提取
实验对象：死亡和健康的野生大熊猫各1头，以及46头健康圈养大熊猫
样品种类：粪便、鼻咽分泌物、血液、组织样品等
研究结果
通过宏病毒组测序，本研究发现，大熊猫携带的病毒种群包括Picornaviridae、Genomoviridae、Circoviridae、Anelloviridae和Picobirnaviridae等，以及大量来源于昆虫和植物的病毒（在粪便样品中尤其多）。在死亡野生大熊猫的鼻咽分泌物和肺部组织中，也发现了少量的昆虫病毒。总体而言，死亡大熊猫和健康大熊猫所携带的病毒种群并无明显差异，但死亡大熊猫样品中检出的Papillomavirus、Picornavirus和Anellovirus病毒含量更高。
大熊猫不同类型的样品中的病毒物种组成分布
死亡和健康大熊猫的粪便、血液和鼻咽分泌物中检测到的病毒物种组成分布
大熊猫样品中新发现的Papillomavirus病毒的基因组特性及其系统发育分析
大熊猫样品中新发现的Picornavirus病毒的基因组特性及其系统发育分析
大熊猫样品中新发现的Picornavirale病毒的基因组特性及其系统发育分析
大熊猫血液样品中新发现的Anellovirus病毒的基因组特性及其系统发育分析
大熊猫样品中新发现的Gemycircularvirus和Circovirus病毒的基因组特性及其系统发育分析
大熊猫样品中新发现的类Partitivirus病毒的系统发育分析
总结
本研究提供了关于大熊猫所携带病毒的信息，并且为病毒感染爆发时的致病物种的检测提供了参考依据。同时，本研究也发现因病死亡的大熊猫和健康大熊猫具有相似的病毒组成，表明这些病毒可能是动物普遍携带的“感染源”，为疾病感染的预防治疗提供了新视角。
本研究的测序工作由上海派森诺生物科技股份有限公司完成。
文章索引：
Zhang, W., S. Yang, T. Shan, R. Hou, Z. Liu, W. Li, L. Guo, Y. Wang, P. Chen, X. Wang, F. Feng, H. Wang, C. Chen, Q. Shen, C. Zhou, X. Hua, L. Cui, X. Deng, Z. Zhang, D. Qi and E. Delwart (2017). "Virome comparisons in wild-diseased and healthy captive giant pandas." Microbiome 5(1): 90.
点击链接，查看原文：
