2018-11-28
这是一篇关于大泷六线鱼无参考基因组的转录组项目文章，影响因子为3.185。本文对正常和病菌感染的大泷六线鱼脾脏进行RNA测序并对测序结果进行qRT-PCR验证，文章内容简单，结果转化率却很高，可为其他客户提供一个很好的借鉴和参考。
测序材料：对照组（TG）和病菌感染组（CG），每组3个重复，每个重复由5条鱼混样
测序平台：Illumina NextSeq500
1.unigene拼接和注释
对原始数据进行无参拼接，共获得了18973个unigene，并统计在Nr、Swissport、eggNOG、GO、KO数据库的注释结果（表1），其中4.41%的unigene在5个数据库中都有注释。
表1 各数据库注释结果
2.unigene表达差异分析
差异分析共筛选出5425个显著差异的unigene，与对照组相比，感染组有1837个上调，有3588个下调（图1）。
图1 差异基因火山图
3.GO富集分析
对差异基因进行GO富集分析，以p值≤0.05为标准，DEG被分为分子功能（MF）、细胞组成（CC）和生物过程（BP）三个主要功能类别，包含307个GO术语。图2显示了富集的前10个GO术语。
图2 GO富集分析
4.KEGG富集分析
KEGG结果表明，有714个差异unigene被富集到了207个通路上，其中有42个通路是显著富集的。图3列出了前20个显著富集的通路。其中，参与补体和凝血级联，核糖体，氧化磷酸化和过氧化物酶体增殖物激活受体（PPAR）信号通路的基因差异数量最多。
图3 差异基因KEGG富集分析
5.qRT-PCR验证
挑选显著差异表达的12个unigene（6个上调，6个下调），通过qRT-PCR验证其表达水平。qRT-PCR验证的结果与测序结果是一致的（图4），说明了RNA-Seq结果的可靠性。
图4 qRT-PCR表达水平验证
参考文献：Matsubara N, Munehara H, Takahashi R, et al. Acoustic property of sound production by fat greenling (Hexagrammos otakii) in spawning season[J]. Acoustical Society of America Journal, 2016, 140(4):3065-3065.
文章链接：https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1050464818307009?via%3Dihub
