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市场活动

真菌组学研究及文章思路解析

2019-04-22

本期与大家分享几篇公司近期发表的真菌类物种转录组测序相关文章，既有真菌中的“大家伙”木耳，也有真菌中的“小可爱”甘蓝根肿菌和黄曲霉。这三篇文章使用单纯转录组测序或基因组+转录组测序联合分析，带大家了解真菌类生物的一些小秘密。


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文章题目：Transcriptional profling of Auricularia cornea in selenium accumulation‍


合作单位：四川省农业科学院



内容简介



黑木耳是一种广泛种植的食用菌，具有很高的营养价值。本研究旨在利用高通量RNA-Seq技术，研究生物营养元素硒，对木耳质量的影响。GO和KEGG pathway分析显示，在硒的补充作用下，参与代谢过程和翻译的基因在萌芽期表达上调，包括氨基酸代谢、脂质代谢、核糖体等。此外，分化基因表达模式表明，表达上调的基因在萌芽期比成熟期更容易被检测到。这些结果为研究木耳对硒补充的转录反应提供了新的思路。



研究思路


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结果展示




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图1 Unigene的GO，eggNOG和KEGG数据库注释结果统计


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图2 差异基因双向聚类热图


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图3 差异基因KEGG信号通路富集气泡图


Li, Xiaolin & Yan, Lijuan & Li, Qiang & Tan, Hao & Zhou, Jie & Miao, Renyun & Ye, Lei & Peng, Weihong & Zhang, Xiaoping & Tan, Wei & Zhang, Bo. (2019). Transcriptional profiling of Auricularia cornea in selenium accumulation. Scientific Reports. 9. 5641. 10.1038/s41598-019-42157-2.



文章题目：Comparative genomics reveals the unique evolutionary status of Plasmodiophora brassicae and the essential role of GPCR signaling pathways


合作单位：华中农业大学




内容简介



十字花科植物根肿菌是一种重要的生物营养性真核植物致病菌，是根茎原生生物的一员。这种生物营养性病原体通过与其他生物营养性生物体明显不同的细胞内机制，在十字花科植物中引起球茎病。然而，对这种生物营养型原生生物的进化状态仍缺乏准确的描述。在此，本文测定了十字花科菌株ZJ-1的草拟基因组，应用比较基因组学方法，证明根状茎超群是真核生物进化树上的一个独立分支。研究结果表明，GPCR信号转导通路在十字花科植物的生长发育和致病性中起着重要作用。



研究思路


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结果展示



表1 甘蓝根肿菌ZJ-1和Pbe3基因组组装结果比较


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图1 18种真核生物基因组比较


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图2 GPCR信号通路相关基因聚类热图



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图3 GPCR拮抗剂功能验证实验结果


Bi, Kai & Chen, Tao & He, Zhangchao & Zhxiao, Gao & Zhao, Ying & Liu, Huiquan & Fu, Yanping & Xie, Jiatao & Cheng, Jiasen & Jiang, Daohong. (2019). Comparative genomics reveals the unique evolutionary status of Plasmodiophora brassicae and the essential role of GPCR signaling pathways. Phytopathology Research. 1. 10.1186/s42483-019-0018-6.



文章题目：Transcriptomic Insights into Benzenamine Effects on the Development, Aflatoxin Biosynthesis, and Virulence of Aspergillus flavus


合作单位：天津科技大学





内容简介



黄曲霉是一种通过土壤传播的致病性真菌，因其在食品中含有致癌的黄曲霉毒素而对公众健康构成严重威胁。本实验研究表明苯那明对黄曲霉菌丝生长有较强的抑制作用。本研究系统研究了苯胺对黄曲霉生长发育、黄曲霉毒素合成和毒力的抑制作用及其机制。转录组测序结果为苯那明对黄曲霉的潜在抗真菌机制提供了有价值的信息，这些潜在靶点可能有助于开发新的防治黄曲霉毒素污染的策略。



研究思路



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结果展示



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图1 差异基因火山图



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 图2 差异基因GO富集柱状图    

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图3 差异基因KEGG富集气泡图


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图4 qPCR验证


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图5 苯胺对黄曲霉作用机理的示意图

 

Yang, M., Lu, L., Li, S., Zhang, J., Li, Z., Wu, S., … Wang, C. (2019). Transcriptomic Insights into Benzenamine Effects on the Development, Aflatoxin Biosynthesis, and Virulence of Aspergillus flavus. Toxins, 11(2), 70. doi:10.3390/toxins11020070


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