2020-09-01
发表期刊：Molecular Therapy: Nucleic Acids
影响因子：7.032
派森诺生物与医华中科技大学同济医学院附属同济院合作，在Molecular Therapy: Nucleic Acids上发表了主题为非编码RNA介导的心肌细胞核定位miR-320功能鉴定的文章。文章的mRNA、ncRNA、RIP以及ChIP的测序由派森诺生物完成。
研究背景
近年来，对microRNA亚细胞分布的系统分析表明，大多数miRNA同时存在于细胞核和细胞质中。然而，核miRNA在心肌细胞中的完整功能目前尚不清楚。亚细胞分离与miRNA图谱研究显示大多数miRNAs在心肌细胞的核和细胞质都可以检测到。本研究通过ChIP-seq、RIP-seq、RNA-seq以及miRNA-seq等研究技术，尝试揭示核定位miRNA的工作模式。
研究要点
1、以miR-320为例，研究核定位miRNA的功能。
2、CRISPR-Cas9介导的Ago2的敲除事件阻碍了miR-320诱导的转录重塑，并且在重新表达Ago2之后miR-320的作用被恢复。
3、LC-MS的方法揭示Ago2与Ylpm1（含有YLP基序的蛋白1）与Ssbp1（单链DNA结合蛋白）的关联。
4、转录组与ChIP-seq（Ago2）联合分析显示Ago2与目标DNA启动子结合可能需要promoter RNA。
5、ChIRP（Chromatin Isolation by RNA Purification）实验显示，在过表达miR-320后，Cep57和Fscn2的promoter RNA与它们的启动子DNA结合减弱。
本研究得到一个初步结果：Promoter RNA转录本作为“先驱者”破坏染色质，使得Ago2/miR-320复合物靶向Cep57或Fscn2启动子DNA进行转录调控。
研究技术
1、细胞培养与转染；
2、亚细胞分离；
3、细胞核与细胞质中的miRNA标记与扫描；
4、miRNA原位杂交；
5、miRNA-蛋白靶向关系预测；
6、转录组测序（RNA-seq）；
7、ChIP-Seq （Ago2蛋白）；
8、CRISPR-Cas9介导的Ago2蛋白敲除；
9、RT-qPCR；
10、RIP-seq（Ago2蛋白）；
11、miRNA-320 pull down；
12、ChIRP（ChromatinIsolation by RNA Purification）实验。
主要结果展示
细胞核与细胞质中miRNA的微阵列
细胞核中miR-320靶点的鉴定
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参考文献：
Li H, Zhan J, Zhao Y, et al. Identification of ncRNA-Mediated Functions of Nucleus-Localized miR-320 in Cardiomyocytes. Mol Ther Nucleic Acids. 2020;19:132-143. doi:10.1016/j.omtn.2019.11.006
