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IF39.3 !RIP-seq科研利器-为扩张型心肌病等相关研究“加油助威”!

2024-02-07

华中科技大学同济医学院同济医院在国际著名杂志《Signal Transduction and Targeted Therapy》发表了卡波西肉瘤相关病毒编码的miRNA促进扩张型心肌病进展的机制研究。本研究的RIP-seq测序以及部分分析工作由上海派森诺生物科技股份有限公司完成。


技术路线

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研究背景

扩张型心肌病(DCM)是目前心衰的和心脏移植的主要病因之一。近几十年来,随着治疗策略的实施和早期诊断,DCM患者的预后得到了改善,但治疗仍然具有挑战性。DCM的潜在病因多种多样,包括基因突变、病毒感染、药物化疗、自身免疫性和全身性疾病等。



研究材料与方法

1.实验材料

DCM患者和非DCM者血浆,KSHV-miR-K12-1-5p模型细胞等

2.测序平台

 Illumina novaseq6000

3.分析方法

 RIP-seq,RT-PCR,WB,Elisa,FC,IHC,Bio-miR pulldown,TEM等



研究结果

1.KSHV相关编码的miRNA可导致扩张型心肌病患者感染KSHV风险增加

研究人员检测了696例DCM患者血浆中的KSHV DNA含量和kshv-miR-K12-1-5p表达水平,并进行随访。结果显示,与非DCM组相比,DCM患者的KSHV血清阳性和定量滴度增加。在随访期间,KSHV DNA血浆阳性的DCM患者因心血管原因或心脏移植而死亡的可能性增加。在心脏组织中,与健康供体相比,DCM患者心脏中的KSHV DNA含量也增加。

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图1. KSHV编码miRNA和KSHV感染在DCM患者中升高

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图2.KSHV -mir-k12-1-5p水平升高、KSHV患病率升高与DCM预后不良相关


2.KSHV-miR-K12-1-5p可能部分来源于KSHV感染的心肌内皮细胞

本研究进一步发现KSHV主要侵袭人心脏内皮细胞,而kshv-miR-K12-1-5p在心脏内皮细胞和心肌细胞都可以被检测到。通过外泌体鉴定和共培养实验,研究人员发现KSHV感染的内皮细胞可以释放出kshv-miR-K12-1-5p并转移到心肌细胞内(图3)。

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图3.KSHV感染内皮细胞后释放kshv-miR-K12-1-5p并转移到心肌细胞内


3.KSHV-miR-K12-1-5p靶向I型干扰素信号通路

研究人员通过Ago2抗体进行RIP-seq,鉴定了67个与Ago2蛋白相关的mRNAs。通过GO富集分析及RNA pulldown、WB及荧光报告基因等实验,I型干扰素信号通路上的多个基因,包括OAS1、OAS2、OAS3、MX1、IFIT1、IFIT3、IRF7和RSAD2,被确定为kshv-miR-K12-1-5p的下游潜在靶点,并且证实kshv-miR-K12-1-5p通过直接靶向这些基因,显著降低其表达,从而阻断了病毒感染激活的I型干扰素信号通路的活化,也就抑制了其抗病毒作用。

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图4 KSHV-miR-K12-1-5p靶向干扰素信号通路

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图5 KSHV-miR-K12-1-5p可减弱IFNβ的抗病毒作用


4.KSHV-miR-K12-1-5p加重嗜心病毒诱导的心肌炎性浸润和功能障碍

此外本研究还通过体外实验发现kshv-miR-K12-1-5p加重了嗜心肌病毒(CVB3和EMCV)诱导的心脏炎症浸润和功能障碍。进一步还发现,KSHV阳性DCM心肌组织中HHV6、PVB19等病毒核酸水平明显高于KSHV阴性的DCM心肌组织,进一步说明其抗病毒能力减退。

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图6.KSHV-miR-K12-1-5p加重嗜心病毒诱导的心肌炎性浸润和功能障碍



小 结

该研究揭示了KSHV通过感染人心脏内皮细胞并释放其编码的kshv-miR-K12-1-5p进入心肌细胞,阻断心肌细胞内的I型干扰素信号通路,从而延缓心脏组织病毒清除、加重炎症浸润及心肌重塑,最终促进DCM的发生发展。本研究表明KSHV感染是DCM的危险因素,为治疗DCM提供了更多的可能性。