2017-08-03
大黄鱼（Larimichthys crocea）是中国南部主要的海洋经济鱼类之一。 基于现在商业化养殖中高密度放养的现状，为了解析大黄鱼在拥挤胁迫下的生理变化以及免疫应答研究，以求实现利益双赢，中国水产科学研究院东海水产研究所唐保军副研究员及其团队选取大密度梯度（34.2 kg/m3）养殖的大黄鱼在五个时间点0 h，6 h，24 h， 48 h， 96 h取样进行无参考基因组转录组测序。测序数据过滤后共捕获到 129,000,000 条clean reads，拼接得到 40,123 条unigenes。
GO分析结果显示，外界胁迫引起的差异表达基因主要富集在分子功能，生物学过程，胞内反应，离子束缚和细胞过程代谢通路中。KEGG聚类分析结果表明，在免疫相关的16个代谢通路中，补体和凝血级联通路中AAP、AAT、CIR、C3、C7、C8B、C8G、CD59、CFB、F5、F9、F11、FGG、HCF2、HF1共15个基因以及C4、C5、F2、F7共4个基因分别在24h和48h表达量上调，其次在趋化因子信号通路、Toll样受体传导通路、白细胞跨内皮迁移通路中也均有基因差异表达。qPCR验证结果与上述结论一致。对大黄鱼的转录组分析结果显示，拥挤胁迫能显著影响鱼类的免疫应答反应，同时需要注意的是，长期的外界胁迫也会对鱼类的防御系统造成一定程度的损伤。
该研究成果Transcriptome analysis and discovery of genes involved in immune pathways in large yellow croaker (Larimichthys crocea) under high stocking density stress于2017年7月13日发表在Fish and Shellfish Immunology杂志上。大黄鱼的转录组测序及信息分析工作，由上海派森诺生物科技股份有限公司完成。
方法：对大黄鱼进行密度胁迫处理，取0，6 ，24 ， 48 ， 96 h肝脏组织进行转录组测序
样本量：5组样本
测序平台：Illumina HiSeq平台
分析内容：
1. 基因表达差异分析
2. GO注释
3. eggNOG注释
4. KEGG注释
5. qPCR验证
结果：测序数据过滤后共捕获到 129,000,000 条clean reads，拼接得到 40,123 条unigenes。 在免疫相关的16个代谢通路中，补体和凝血级联通路中AAP、AAT、CIR、C3、C7、C8B、C8G、CD59、CFB、F5、F9、F11、FGG、HCF2、HF1共15个基因以及C4、C5、F2、F7共4个基因分别在24h和48h表达量上调，其次在趋化因子信号通路、Toll样受体传导通路、白细胞跨内皮迁移通路中也均有基因差异表达。qPCR验证结果与上述结论一致。对大黄鱼的转录组分析结果显示，拥挤胁迫能显著影响鱼类的免疫应答反应，同时需要注意的是，长期的外界胁迫也会对鱼类的防御系统造成一定程度的损伤。
结果展示：
图1 大黄鱼转录组unigenes长度分布图
图2 eggNOG基因功能注释
图3 GO基因功能注释
图4 补体和凝血级联通路差异基因的KEGG富集分析
图5 qPCR结果验证图
参考文献：
Sun P, Bao P, Tang B, Transcriptome analysis and discovery of genes involved in immune pathways in large yellow croaker (Larimichthys crocea) under high stocking density stress, Fish and Shellfish Immunology (2017), doi: 10.1016/j.fsi.2017.07.013.
