真菌全基因组从头测序（Fungi Whole Genome de novo Sequencing），是指对基因组序列未知或无近缘物种基因组信息的某个物种，构建不同插入片段的基因组DNA文库并对文库进行序列测定，然后利用生物信息学方法进行拼接、组装和注释，从而获得该真菌的全基因组序列图谱。
产品参数
产 品 | 文库插入片段大小（bp） | 测序平台及测序模式 | 测序深度 | 交付指标 | 项目周期 |
框架图A | 400 ~ 500 | Illumina MiSeq，PE251 | ~100 × | 无基因预测和注释 | 30 个自然日 |
框架图B | 400 ~ 500 | Illumina HiSeq，PE150 | ~100 × | 无基因预测和注释 | 35 个自然日 |
框架图C | 400 ~ 500 | Illumina MiSeq，PE251 | ~100 × | 含基因预测和注释 | 40 个自然日 |
框架图D | 400 ~ 500 | Illumina HiSeq，PE150 | ~100 × | 含基因预测和注释 | 45 个自然日 |
完成图 | 400 ~ 500 | Illumina MiSeq，PE251 | ~100 × | 简单真菌1 Contig N50 ≥ 500 kb 复杂真菌2 Contig N50 ≥ 300 kb | 60 个自然日 |
20,000 | PacBio | ~100 × |
1、简单真菌：35% ≤ G+C% ≤ 65% 且杂合度 ≤ 0.5%且基因组 ≤ 40 Mb；
2、复杂真菌：G+C% > 65% 或 G+C% > 35%或杂合度 > 0.5%或基因组 > 40 Mb；
Contig N50：将组装得到的 Contig 按序列长度从长到短排序并依次累加，当累加长度正好达到序列总长度 50% 时，最后一条序列的长度。
