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线粒体&叶绿体基因组测序

虾虎鱼线粒体基因组展示物种系统进化

背景:虾虎鱼家族包含1700多个种类,属于脊椎动物家族的一员。脊椎动物的线粒体基因组大小通常在16.5-17kb之间,无内含子并可以编码少量的基因,可用于研究物种的进化。


目的:利用Pacbio、Illumina平台对两种虾虎鱼的线粒体基因组进行测序,并与40种虾虎鱼进行系统进化分析。利用基因重排分析和线粒体基因组进化树进一步扩展系统发育,并把这些分析关联到物种生态属性的分析。

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结果:圆虾虎鱼(Neogobius melanostomus)和沙虾虎鱼(Pomatoschistus minutus)的线粒体基因组大小分别为19.0 kb和16.4 kb。转录起始位点下游的大片段插入是造成圆虾虎鱼线粒体基因组扩张的原因,这个插入片段中有携带控制区重复序列的痕迹。与其它虾虎鱼科物种的线粒体基因组进行了一系列分析,包括进化分析,基因重排分析,并比较了线粒体基因组大小、生态信息和其他物种特征,增强了对虾虎鱼物种的认识。

文章索引:Adrian-Kalchhauser I, Svensson O, Kutschera VE et al. The mitochondrial genome sequences of the round goby and the sand goby reveal patterns of recent evolution in gobiid fish[J]. BMC Genomics, 2017, 18(1): 177.