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LncRNA测序

Transcriptome sequencing reveals PCAT5 as a novel ERG-regulated long non-coding RNA in prostate cancer

期刊: Cancer Research

年份: 2015

影响因子:9.329



简介:多数前列腺癌患者会发展成去势难治性前列腺癌,去势难治性前列腺癌患者预后差;去势难治性前列腺癌是医学界面临的科学难题,缺乏有效的治疗手段。


样本选择:良性前列腺增生样本、未经治疗的前列腺癌样本、去势难治性前列腺癌样本


样本量及平台:53例样本、HiSeq2000


分析内容:新发现LncRNA分析、聚类分析、主成分分析、特异LncRNA研究


结果:新发现145个未经注释的LncRNA或同源异构体(isoform)序列,其中三分之一的序列为CRPCs有的;发现PCAT5为特异性的LncRNA,仅存在于靶标转录因子ERG-positive前列腺癌患者样本和去势难治性前列腺癌患者样本中,PCAT5作为新发现的致瘤LncRNA,调节靶标转录因子,并参与细胞的生长、迁移和细胞凋亡等;利用聚类分析和主成分分析等方法揭示不同样本之间关键通路的基因表达量变化。


原文索引:doi:10.1158/0008-5472.CAN-15-0217



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图1 前列腺癌样本基因表达量分析 



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图2 PCAT5表达模式分析