什么是小RNA测序？
Small RNA测序，研究某一物种特定组织在特定状态下的已知SmallRNA，也可发现新的或该物种的Small RNA并预测其靶基因，为研究Small RNA的功能及此物种的基因调控机制提供了有力工具。Small RNA主要包括微RNA（miRNA）、小干扰RNA（siRNA）、与piwi相互作用的RNA（piRNA）三类。
对于没有参考基因组的物种，进行小RNA测序要进行靶基因预测如何操作？
建议客户做转录组测序，进行大规模转录本的发现，构建出目标物种的Unigene库，在此基础上进行小RNA测序，通过注释得到已知的小RNA和预测得到新的miRNA，通过与Unigene库中的基因进行比对，来进行靶基因的预测，最后完成靶基因的功能注释。
5.2进行small RNA测序对于组织样品提取总RNA有什么特殊要求？
RNA纯化方法主要包括有机溶剂抽提+乙醇沉淀、硅胶膜离心柱等。由于硅胶膜离心柱只能富集200 nt以上的RNA分子，所以不适用于small RNA的分离纯化。有机溶剂抽提虽然能够较好的保留small RNA，但是后期的沉淀步骤非常繁琐。因此，如果要进行small RNA测序，提取总RNA时建议不要使用过柱试剂盒，也不要使用LiCl沉淀法，以免丢失小片段RNA。
高通量测序研究Small RNA的优势？
Small RNA高通量测序主要优势有：(1) 可以直接从核苷酸水平上研究Small RNA分子，不存在传统芯片杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题，利于区分相同家族以及序列相似的不同Small RNA分子；(2) 可以对物种进行高通量分析，无需预先的序列信息以及二级结构信息；(3) 灵敏度高，测序通量大，为Small RNA分子的发现和研究提供了数据深度与覆盖率，能够检测丰度低的稀有转录；(4) 测序产生的原始数据可以与多种分析软件兼容，可以注释Small RNA的基因组信息，并分析其表达水平，能够使用Small RNA数据库注释已知的Small RNA，还可以进一步分析未匹配的数据，发现新的Small RNA种类及异构体，寻找更深入的研究信息。
