为什么CircRNA测序的研究比较热?
1)多角度阐述分子生物学问题的需要;
2)从新的角度发现导致样本存在差异的需要;
3)寻找影响疾病发生的分子标记;
4)探究circRNA的未知功能;
5)寻找导致microRNA表达发生变化的机理。
CircRNA测序需要多少数据量?
推荐10G clean data/样本的数据量。
CircRNA测序的条件?
1. 有参考基因组,并且有CircRNA注释信息;
2. 有相应的核糖体去除试剂盒。
CircRNA有哪些特点?
1. 大多存在于细胞质中,且序列高度保守;
2. 一般细胞或组织中,环状RNA较稳定,半衰期在48h,其他mRNA(线性)半衰期约为10h;血清中的外显子环状RNA不稳定,半衰期<15s。
3. 不同细胞中表达的环状RNA可能不同;
4. 同一个基因可能即产生线性mRNA,又可以转录成环状RNA;
5. 总量估计,外显子环状RNA(exonic ciRcRNA)的量约为polyA mRNA(线性mRNA)的1%;占非核糖体RNA的0.8%;
6. 大部分为ncRNA。