WGBS对于物种有什么要求？
1) 是否为低甲基化率的物种；已报道的低甲基化率的物种共有6种：果蝇、面粉甲虫、酿酒酵母、粟酒裂殖酵母、线虫和黄曲霉。
2) 该物种的基因组完成情况如何（影响 Bisulfite-Seq 的比对，至少至少拼接到scaffold水平，较为完整的注释）。
3) 基因组是否存在复杂因素：GC 含量偏高、杂合度偏高、转座子、重复区域等。
4) 物种为真核生物。
Bisulfite 处理后非甲基化 C 的 CT 转化率是多少？
目前我们的实验流程很成熟，能保证 Bisulfite 处理后非甲基化 C 的 CT 转化率在 99.5%以上，确保Bisulfite 对 DNA 的处理达到生物信息分析要求。如果样品的DNA不存在不发生甲基化的DNA作为对照（例如：拟南芥的叶绿体的DNA都是不发生甲基化），都会在样品中混入control DNA的方法来验证Bisulfite的转化率。
WGBS推荐数据量多少？需要生物学重复吗？
通常WGBS甲基化建议测序深度为30X，生物学重复为两个。如果研究同类细胞的需要5-15X测序深度，如果需要研究区域较短的DMR需要15X以上的测序深度，如果想分析区域较长的DMR测序深度达到1-2X即可。建议如果要分析DMR至少需要两个生物学重复。
