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全长转录组测序

常见问题

  • 全长转录组为什么推荐“三+二”?

    目前已报道全长转录组文章大都采用“三+二”的模式,三代建库测序以检测更准确的结构变异为主,对于有参考基因组物种可以准确检测可变剪切,融合基因,新基因的预测,对于无参考基因组物种提供准确的参考序列,有助于后期差异分析;二代测序转录组研究可以实现较三代更准确的定量。此外“三+二”模式可以利用二代的数据对三代进行校正。

  • 全长转录组是否需要打断,拼接?

    全长转录组是基于PacBio Sequel三代测序平台,无需打断拼接,直接获得包含5’,3’UTR,poly A tail的完整转录本,从而准确分析有参考基因组物种可变剪切及融合基因等结构信息,克服无参考基因组物种转录本拼接较短、信息不完整的难题。

  • 如何选择全长转录组测序数据量?

    基于PacBio Sequel平台,如果是想获得转录组中高表达基因,可选择1个文库测1-3个Cell (5~15G数据),如果想获得更多极低丰度基因,建议1个文库测3个Cell以上。同时,也需要参考研究物种转录组复杂性,如多倍体物种,基因数量一般相对较多,在参考上述情况后,需适量增加数据量。

  • 什么物种适合全长转录组测序?

    有参考基因组和无参考基因组的物种均适合。

  • 全长转录组测序如何取样?

    主要依据研究目的而定。通常,如果想获得某物种比较全面的转录本信息,建议采集不同组织样本提取RNA,等量混合测序,得到尽可能全面的表达转录本。如植物,建议取根、茎、叶、花、果实等;如动物,建议取肝脏、肾脏、肠、皮肤等部位;如果只针对某个组织部位进行组织特异性全长转录组分析,则可只对该组织取样,也可以取该组织不同的发育时期样品提取RNA,等量混合分析。