针对无参考基因组物种的转录组测序你们可以提供哪些分析内容?
常规信息分析内容如下:
1、序列拼接及拼装统计;
2、Unigene功能注释;
3、Unigene功能聚类分析;
4、Unigene的代谢途径分析;
5、Unigene的表达差异分析(两个或者两个以上的样本);
6、样品间差异表达Unigene的富集分析(GO、KEGG);
7、样品间差异Unigene的表达模式聚类分析(3个样本及以上);
8、SNP鉴定;
9、SSR分析。
除了常规信息分析外,还可根据客户需求,进行可选性信息分析,例如:基因共表达网络分析、PCA分析、差异mRNA蛋白互作网络分析、转录因子分析(适用于植物物种)、样本特异表达及共有表达基因分析、样品间相关性分析、mRNA与miRNA互作分析、mRNA与LncRNA互作分析、DEU分析(适用于有生物学重复)。