1. sc-ATAC seq与bulk ATAC seq有什么不同？
2. sc-ATAC seq可以与sc-RNA seq进行联合分析吗？
3. 只做sc-ATAC seq可以进行细胞分群和注释吗？
答1：scATAC-Seq可在单细胞分辨率下鉴定染色质的开放区域，可以得知不同细胞类型间的开放染色质差异。bulk ATAC seq只能得到样本中所有细胞的均值，无法区分不同样品中同一细胞类型的开放染色质区域或不同细胞类型间开放染色质的差异。
答2：可以，sc-ATAC seq与sc-RNA seq联合分析可以深入探索TF通过染色质开放性变化调控某类细胞的某个基因转录表达的机制。从实验设计上，可以一个样本分成两份同时分别测sc-ATAC seq可以与sc-RNA seq，也可以使用10x 新推出的多组学方案，即一个细胞同时分析染色质开放和基因表达，少量样本即可得到多组数据。
答3：sc-ATAC seq是基于peak的信号丰度值进行单细胞聚类与分群，得到的细胞分群不依赖于基因表达，效果一般不佳，主要体现在分辨率偏低，一般只能将大类细胞区分开，其分群效果没有对应的10×RNA-seq数据的好。建议是和sc-RNA seq进行联合分析，基于已经注释好细胞类型的 scRNA 数据，采用 Seurat TransferData 的方法，获得 scATAC 的细胞类型注释。
