1. PacBio测序平台的技术原理?
利用 PacBio RS II/Sequel 进行全长转录组测序,平台包含 16 个测序模块(SMRT cell),每个 SMRT cell 包含 15 万/100万个测序单元(零模波导孔,ZMWs)。需要将 mRNA 进行反转录并进行环化处理,形成 CCS,每个 ZMW(零模波导孔)将容纳 1 个 CCS 分子。由于全长转录组测序对 mRNA 不进行打断,直接进行上机测序,而每个 CCS 的片段长度不同,较小的 CCS 会先落入 ZMWs 中,而导致长片段很难测到。因此,在文库构建时,需要将 mRNA 根据长度分成不同的段,分别构建文库和测序。
2. PacBio测序平台测序方案有什么推荐?
对样本进行分段处理,构建不同片段长度的文库,我们推荐每个样本构建3-6个文库。 建议8-15G subreads。
3. 全长转录组测序分析内容包括哪些?
分析内容包括:转录本覆盖度计算、转录本功能注释、转录本GO 分类注释、转录本 eggNOG分类注释、转录本KEGG分类注释、ORF分析、可变剪接分析等。