MeRIP-seq 技术主要用于mRNA 甲基化检测，其测序数据处理主要包括读段定位、峰检测(peak calling)、差异甲基化检测及剪接异构体层次的相关处理。
我们对搜索到的Peaks进行基本信息统计，包括长度分布，及Peaks上的序列覆盖度等。
Peaks基本信息统计
Sample | Peak_Count | Peak_Sum_Length | Peak_Mean_Length | Tag_Sum_Count | Tag_Mean_Count |
A | 12,930 | 10,217,922 | 790.25 | 2,577,108 | 199.31 |
B | 18,872 | 13,640,326 | 722.78 | 2,247,582 | 119.1 |
C | 33,167 | 18,743,472 | 565.12 | 3,516,895 | 106.04 |
注：Sample：样本名称。
Peak_Count：搜索到的Peaks数量。
Peak_Sum_Length：Peaks总长度。
Peak_Mean_Length：Peak平均长度。
Tag_Sum_Count，Tag_Mean_Count：支持Peak的Tags总数和平均数。
我们对得到的Peak进行长度分布统计，结果见下图。
Peaks的长度分布直方图
注：横坐标为Peaks长度，纵坐标为对应长度区间的Peaks个数。
我们根据支持每个Peaks的Tags数，对其进行覆盖度分析，结果见下图。
Peaks覆盖深度度的直方分布图
注：横坐标为Peak的覆盖深度（Tags数量），纵坐标为对应覆盖深度的Peaks数量。
为了直观的展示m6A修饰位点在各染色体上的具体分布情况，我们用图形展示m6A甲基化位点在染色体上的分布，如下图，可直观的看到m6A修饰在各染色体上的密度稀疏情况，整体的展示多组样品之间m6A甲基化修饰的异同。
Peaks位点在基因组序列上的分布
注：最外圈为染色体，第二圈为正负链上的mRNA，第三圈为正负链上的其他RNA，往内依次为样本A,B,C的Peak分布区域，纵坐标为支持Peak的Tags。
