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科研服务

RNA甲基化测序

分析内容

MeRIP-seq 技术主要用于mRNA 甲基化检测,其测序数据处理主要包括读段定位、峰检测(peak calling)、差异甲基化检测及剪接异构体层次的相关处理。


分析结果展示

Peak统计分析

我们对搜索到的Peaks进行基本信息统计,包括长度分布,及Peaks上的序列覆盖度等。

 

Peaks基本信息统计

Sample

Peak_Count

Peak_Sum_Length

Peak_Mean_Length

Tag_Sum_Count

Tag_Mean_Count

A

 12,930

 10,217,922

790.25

 2,577,108

199.31

B

 18,872

 13,640,326

722.78

 2,247,582

119.1

C

 33,167

 18,743,472

565.12

 3,516,895

106.04

注:Sample:样本名称。

Peak_Count:搜索到的Peaks数量。

Peak_Sum_Length:Peaks总长度。

Peak_Mean_Length:Peak平均长度。

Tag_Sum_Count,Tag_Mean_Count:支持Peak的Tags总数和平均数。

 

我们对得到的Peak进行长度分布统计,结果见下图。

                                             

Peaks的长度分布直方图.png

Peaks的长度分布直方图

注:横坐标为Peaks长度,纵坐标为对应长度区间的Peaks个数。

 

我们根据支持每个Peaks的Tags数,对其进行覆盖度分析,结果见下图。

Peaks覆盖深度度的直方分布图2.png

Peaks覆盖深度度的直方分布图

注:横坐标为Peak的覆盖深度(Tags数量),纵坐标为对应覆盖深度的Peaks数量。

 

为了直观的展示m6A修饰位点在各染色体上的具体分布情况,我们用图形展示m6A甲基化位点在染色体上的分布,如下图,可直观的看到m6A修饰在各染色体上的密度稀疏情况,整体的展示多组样品之间m6A甲基化修饰的异同。


Peaks位点在基因组序列上的分布.png

Peaks位点在基因组序列上的分布

注:最外圈为染色体,第二圈为正负链上的mRNA,第三圈为正负链上的其他RNA,往内依次为样本A,B,C的Peak分布区域,纵坐标为支持Peak的Tags。