种水平的精细组成图
上图中，横坐标依据样本名排列，每一个柱形图代表一个样本，并以颜色区分各分类单元，纵坐标代表各分类单元的相对丰度，柱子越长，该分类单元在对应样本中的相对丰度越高。
组间差异显著的种水平分类单元的丰度分布小提琴图
上图中，横坐标为组间差异显著的种水平分类单元，纵坐标为各分类单元在各样本（组）内的序列量，以小提琴图结合箱线图的形式展示：其中，小提琴图可以直观地显示数据的分布特征，“小提琴”的“胖瘦”反映了样本数据分布的密度高低（宽度越宽，表明该序列量水平所对应的样本越多）；箱线图边框代表上下四分位数间距（Interquartile range，IQR），横线代表中位值，上下触须分别代表上下四分位以外的1.5倍IQR范围，符号“•”表示超过范围的极端值。
种水平关联网络分析图
上图中，各节点的圆圈代表种水平的各分类单元，以不同的颜色标识，节点之间的连接表明两个物种之间存在相关性，红线表明正相关，绿线表明负相关。通过某节点的连接越多，表明该物种与菌群中其它成员的关联越密切。
菌群代谢功能预测的KEGG直系同源基因簇（KO）丰度热图
上图中，样本先按照彼此之间功能类群丰度分布的相似度进行聚类，根据聚类结果横向依次排列。同理，功能类群也按照彼此在不同样本中分布的相似度进行聚类，根据聚类结果纵向依次排列。图中，红色代表在对应样本中丰度较高的功能类群，绿色代表丰度较低的功能类群。
